データセット ID
JGAD001063
- データの種類
- NGS（RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 12.1 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- TXT
- 研究
- hum0574
- 公開日
- 2026-07-27
- 更新日
- 2026-07-27
- DDBJ Search
- JGAD001063 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000919 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 直腸がん（POLE変異陽性直腸がんとPOLE変異陰性直腸がん）（ICD10：C20）：2症例 計4検体
治療前および化学放射線療法中の生検検体（腫瘍組織）：1症例につき1検体ずつ - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 対象集団日本人
- 疾患
- 直腸がん（POLE変異陽性直腸がんとPOLE変異陰性直腸がん）
- 試料説明
- 腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- TopHat v2.0.13
- QC・フィルタリング
- Cutadapt v1.2.1 and PRINSEQ v0.19.2
- 解析方法
- Cuffquant / Cufflinks package v2.2.1
- 遺伝子数
- 13,000