データセット ID
JGAD001020
- データの種類
- NGS（FLeCS-seq、SMART-seq、RNA-seq、short-read WGS、ultralong-read WGS）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 753 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0006
- 公開日
- 2026-06-04
- 更新日
- 2026-06-04
- DDBJ Search
- JGAD001020 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000877 (新しいタブで開きます)
解析手法
FLeCS-seq
- 材料と対象者
- グリオーマ（ICD10：C71）：1症例（2検体）
- 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- グリオーマ
- 試料説明
- 左前頭葉の正常部位より抽出したRNA
- 組織脳
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- FLeCS-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Ligation Sequencing Kit (SQK-LSK114)
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Oxford Nanopore Technologies PromethION
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- N/A
SMART-seq
- 材料と対象者
- グリオーマ（ICD10：C71）：1症例（1検体）
- 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- グリオーマ
- 試料説明
- 左前頭葉の正常部位より抽出したRNA
- 組織脳
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- SMART-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Ligation Sequencing Kit (SQK-LSK114)
SMART-Seq mRNA Long Read - 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Oxford Nanopore Technologies PromethION
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- N/A
RNA-seq
- 材料と対象者
- グリオーマ（ICD10：C71）：1症例（2検体）
- 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- グリオーマ
- 試料説明
- 左前頭葉の正常部位より抽出したRNA
- 組織脳
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMART-Seq Stranded Kit
- 断片化
- マグネシウムイオン存在下での熱処理
- プラットフォーム
- Element AVITI
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp
Short-read WGS
- 材料と対象者
- グリオーマ（ICD10：C71）：1症例（1検体）
- 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- グリオーマ
- 試料説明
- 左前頭葉の正常部位より抽出したDNA
- 組織脳
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp
Ultralong-read WGS
- 材料と対象者
- グリオーマ（ICD10：C71）：1症例（1検体）
- 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- グリオーマ
- 試料説明
- 左前頭葉の正常部位より抽出したDNA
- 組織脳
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Monarch HMW DNA Extraction Kit for Tissue
Ultra-Long DNA Sequencing Kit (SQK-ULK001) - 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Oxford Nanopore Technologies PromethION
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- N/A
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- minimap2（Dorado）
- マッピング品質
- マッピング率 98.6％
- カバレッジ (深度)
- 44x