データセット ID
JGAD000997
- データの種類
- NGS（Exome）
NGS（RNA-seq）
NGS（scRNA-seq）
NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像
Xenium In Situ Gene Expression - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 1.0 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- TSV
- PARQUET
- MTX
- HDF5
- TIFF
- 研究
- hum0550
- 公開日
- 2025-11-14
- 更新日
- 2025-11-14
- DDBJ Search
- JGAD000997 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000855 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 腎臓がん（ICD10：C64）：54症例
腫瘍組織：125検体
非腫瘍組織（嚢胞）：36検体 - 健康状態罹患
- 対象者数54 (人数)
- 疾患
- 腎臓がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 組織Cyst
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Twist Library Preparation Kit
- 断片化
- 上記キットに準拠（酵素反応）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- BWA-MEM
- マッピング品質
- MAPQ > 20
- カバレッジ (深度)
- 127x
RNA-seq
- 材料と対象者
- 腎臓がん（ICD10：C64）：91症例
腫瘍組織：91検体 - 健康状態罹患
- 対象者数91 (人数)
- 疾患
- 腎臓がん
- 試料説明
- 腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 上記キットに準拠（化学反応）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 腎臓がん（ICD10：C64）：18症例
腫瘍組織：24検体 - 健康状態罹患
- 対象者数18 (人数)
- 疾患
- 腎臓がん
- 試料説明
- 腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 3' v3.1
- 断片化
- 上記キットに準拠（酵素反応）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- read1: 28 bp
read2: 90 bp
Xenium 空間トランスクリプトーム
- 材料と対象者
- 腎臓がん（ICD10：C64）：3症例
腫瘍組織：4検体 - 健康状態罹患
- 対象者数3 (人数)
- 疾患
- 腎臓がん
- 試料説明
- 腫瘍組織
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Spatial transcriptomics
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Xenium Human Multi-Tissue and Cancer Panel
Xenium In Situ Gene Expression - プラットフォーム
- 10x Genomics Xenium Analyzer
- 解析方法
- Xenium Analyzer
Visium 空間トランスクリプトーム + 病理画像
- 材料と対象者
- 腎臓がん（ICD10：C64）：16症例
腫瘍組織：22検体 - 健康状態罹患
- 対象者数16 (人数)
- 疾患
- 腎臓がん
- 試料説明
- 腫瘍組織
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Histological image
Spatial transcriptomics - 測定対象
- N/A
- 試料の処理
- 組織染色: HE染色
- 試薬キット
- Visium Spatial Gene Expression
- 断片化
- 上記キットに準拠（酵素反応）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- read1: 28 bp
read2: 50 bp - 参照ゲノム
- GRCh38
- 解析方法
- Space Ranger Pipeline （version 1.3.1）