2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2025-11-14
- 更新日
- 2025-11-14
- 研究
- hum0550
- データの種類
- NGS(Exome) NGS(RNA-seq) NGS(scRNA-seq) NGS(Visium Spatial Gene Expression)、病理画像 Xenium In Situ Gene Expression
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000855
解析手法
WES
- 材料と対象者
腎臓がん(ICD10: C64): 54症例 腫瘍組織: 125検体 非腫瘍組織(嚢胞): 36検体
- 実験方法
Exome
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- ライブラリ構築
Twist Library Preparation Kit
- 断片化
上記キットに準拠(酵素反応)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- マッピング
BWA-MEM
- マッピング品質
MAPQ > 20
- リファレンス配列
GRCh38
- カバレッジ
127x
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
1.0 TB(bam)
- 利用ポリシー
RNA-seq
- 材料と対象者
腎臓がん(ICD10: C64): 91症例 腫瘍組織: 91検体
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織から抽出したRNA
- ライブラリ構築
NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit
- 断片化
上記キットに準拠(化学反応)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
1.0 TB(fastq)
- 利用ポリシー
scRNA-seq
- 材料と対象者
腎臓がん(ICD10: C64): 18症例 腫瘍組織: 24検体
- 実験方法
scRNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織から抽出したRNA
- ライブラリ構築
Chromium Single Cell 3' Reagent Kit V3.1
- 断片化
上記キットに準拠(酵素反応)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
28 bp + 90 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
1.0 TB(barcodes.tsv、features.tsv、matrix.mtx)
- 利用ポリシー
Xenium 空間トランスクリプトーム
- 材料と対象者
腎臓がん(ICD10: C64): 3症例 腫瘍組織: 4検体
- 実験方法
Xenium In Situ Gene Expression
- プラットフォーム
10x Genomics [Xenium]
- 試料説明
腫瘍組織
- 試薬
Xenium In Situ Gene Expression、Xenium Human Multi-Tissue and Cancer Panel
- 解析方法
Xenium Analyzer
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
1.0 TB(h5、tif、parquet)
- 利用ポリシー
Visium 空間トランスクリプトーム + 病理画像
- 材料と対象者
腎臓がん(ICD10: C64): 16症例 腫瘍組織: 22検体
- 実験方法
Visium Spatial Gene Expression、病理画像
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織
- ライブラリ構築
Visium Spatial Gene Expression library preparation slide
- 断片化
上記キットに準拠(酵素反応)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
28 bp + 50 bp
- 解析方法
Space Ranger Pipeline (version 1.3.1)
- リファレンス配列
GRCh38
- 組織染色
HE染色
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
1.0 TB(h5)
- 利用ポリシー