2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
JGAD000988
- 公開日
- 2026-03-31
- 更新日
- 2026-03-31
- 研究
- hum0406
- データの種類
- NGS(scRNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000846
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
CCNOバリアントを持つ原発性線毛機能不全症(ICD10: Q348): 1症例 1: 患者末梢血から樹立したiPS細胞由来気道上皮細胞シート: 1検体 2: 患者末梢血から樹立した修復iPS細胞由来気道上皮細胞シート: 1検体
- 実験方法
scRNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
ヒトiPS細胞由来の気道上皮細胞に対し、気液界面培養を用いて分化誘導後、単離した細胞より抽出したRNA
- ライブラリ構築
Chromium Single Cell 3' Reagent Kits v4.0
- 断片化
上記キットに準拠(酵素反応)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
Read 1: 28 bp、Read 2: 90 bp
- 解析方法
Cell Ranger(v8.0.1)
- フィルタリング
Cell Ranger(v8.0.1)
- マッピング
Cell Ranger(v8.0.1)
- リファレンス配列
GRCh38(refdata-gex-GRCh38-2020-A)
- 遺伝子数
38606
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
62.9 GB(fastq、h5)
- 利用ポリシー