2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
JGAD000978
- 公開日
- 2025-11-12
- 更新日
- 2025-11-12
- 研究
- hum0531
- データの種類
- NGS(Amplicon-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000836
解析手法
RNA Amplicon-seq
- 材料と対象者
進行性尿路上皮がん(ICD10: C67、C65、C66): 15症例 腫瘍組織(FFPE)15検体 cfDNA(血漿)50検体
- 実験方法
Amplicon-seq
- ターゲット
TP53、FGFR3、TERT、KRAS/HRAS
- プラットフォーム
Thermo Fisher Scientific [Ion PGM/S5]
- 試料説明
腫瘍組織から抽出したDNAおよびcfDNA
- ライブラリ構築
Kukita Y ら(PLOS ONE, 2018)に記載された手法
- 断片化
FFPE: 超音波断片化(Covaris) 血漿cfDNA: -
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
7.2 GB(fastq)
- 利用ポリシー