データセット ID
JGAD000957
- データの種類
- NGS
(scRNA-seq、scTCR-seq、scCITE-seq、bulk RNA-seq) - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 1.1 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- TXT
- TAR
- 研究
- hum0511
- 公開日
- 2026-08-03
- 更新日
- 2026-09-08
- DDBJ Search
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- JGA Study
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このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| commitment_ | 733 KB | ||
| commitment_ | 149 KB |
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
- データセット1: 健常者28名
70～90歳代: 8名
100歳代: 10名
110歳代: 10名
データセット2: データセット1に含まれる健常者6名
70～90歳代: 2名
100歳代: 2名
110歳代: 2名 - 健康状態健常
- 対象者数28 (人数)
- 年齢層高齢者
- 試料説明
- データセット1：末梢血T細胞から抽出したRNA
データセット2：PMAとイオノマイシンで6時間刺激した末梢血T細胞から抽出したRNA - 組織末梢血、T 細胞
- 実験方法
- scRNA-seq
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- MGI DNBSEQ-G400
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 72 bp (Read1)
91 bp (Read2) - 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Cell Ranger 6.1.2
- QC・フィルタリング
- Cell Ranger 6.1.2
- 解析方法
- Cell Ranger 6.1.2
scTCR-seq
- 材料と対象者
- データセット1: 健常者28名
70～90歳代: 8名
100歳代: 10名
110歳代: 10名
データセット2: データセット1に含まれる健常者6名
70～90歳代: 2名
100歳代: 2名
110歳代: 2名 - 健康状態健常
- 対象者数28 (人数)
- 年齢層高齢者
- 試料説明
- データセット1：末梢血T細胞から抽出したRNA
データセット2：PMAとイオノマイシンで6時間刺激した末梢血T細胞から抽出したRNA - 組織末梢血、T 細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 実験方法
- TCR-seq
- 試薬キット
- Chromium Single Cell V(D)J Enrichment Kit, Human T Cell
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- MGI DNBSEQ-G400
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 72 bp (Read1)
91 bp (Read2) - 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Cell Ranger 6.1.2
- QC・フィルタリング
- Cell Ranger 6.1.2
- 解析方法
- Cell Ranger 6.1.2
scCITE-seq
- 材料と対象者
- データセット1: 健常者28名
70～90歳代: 8名
100歳代: 10名
110歳代: 10名
データセット2: データセット1に含まれる健常者6名
70～90歳代: 2名
100歳代: 2名
110歳代: 2名 - 健康状態健常
- 対象者数28 (人数)
- 年齢層高齢者
- 試料説明
- データセット1：末梢血T細胞から抽出したRNA
データセット2：PMAとイオノマイシンで6時間刺激した末梢血T細胞から抽出したRNA - 組織末梢血、T 細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 実験方法
- CITE-seq
- 測定対象
- CD3、CD4、CD8、CD25、CD27、CD28、CD45RA、CD45RO、CD95、TCRD、CCR7、IL7RA、PD-1、CD161、KLRG1、CD56
- 試薬キット
- Chromium Single Cell 5' Feature Barcode Library Kit
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- MGI DNBSEQ-G400
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 0 bp (Read1)
15 bp (Read2) - 参照ゲノム
- N/A
- マッピング
- Cell Ranger 6.1.2
- QC・フィルタリング
- Cell Ranger 6.1.2
- 解析方法
- Cell Ranger 6.1.2
bulk RNA-seq
- 材料と対象者
- データセット1に含まれる健常者1名
100歳代：1名 - 健康状態健常
- 対象者数1 (人数)
- 対象集団日本人
- 年齢層高齢者
- 試料説明
- 末梢血由来PBMCから分取したCD4⁺CD27⁻CD28⁻ T細胞およびCD4⁺CD45RO⁺CD28⁺ T細胞から抽出したRNA
- 組織末梢血、T 細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Nextera XT DNA Library Prep Kit
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq X
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 151 bp (Read1)
151 bp (Read2)