データセット ID
JGAD000909
- データの種類
- NGS（Exome、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 研究
- hum0489
- DDBJ Search
- JGAD000909 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 試料 / 対象者
- 粘液型脂肪肉腫：43症例、腫瘍組織：43検体
粘液型脂肪肉腫細胞株（402-91、1955-91、2645-94）：3検体 - 健康状態罹患
- 対象者数46 (検体数)
- 対象集団日本人
- 疾患
- 粘液型脂肪肉腫
- 試料説明
- 腫瘍組織および細胞株から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 購入試料の入手元
- 402-91、1955-91、2645-94：分譲により入手
1. Genes Chromosomes Cancer. 1992;5(4):278-85.
2. Int J Cancer. 1999 Sep 24;83(1):30-3. - 実験方法
- WES
- 対象領域
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra II FS DNA Library Prep Kit for Illumina
SureSelect Human All Exon V6
SureSelect Human All Exon V7 - 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq X Plus
MGI DNBSEQ-G400 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 組織サンプル：100 bp
細胞株サンプル：150 bp
RNA-seq
- 試料 / 対象者
- 粘液型脂肪肉腫：72症例
- 健康状態罹患
- 対象者数72 (検体数)
- 対象集団日本人
- 疾患
- 粘液型脂肪肉腫
- 試料説明
- 腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 購入試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 対象領域
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq RNA Exome
- 断片化
- 化学的断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp