2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2025-04-10
- 更新日
- 2025-10-28
- 研究
- hum0393
- データの種類
- NGS(RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000693
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
【JGAS000693】 未治療の関節リウマチ(ICD10: M690): 6症例(6検体) 健常者: 6名(6検体) 【JGAS000630】 IgG4関連疾患(ICD10: M359): 4症例 顎下腺: 3検体 末梢血単核球: 4検体 原発性シェーグレン症候群(ICD10: M350): 3症例 末梢血単核球: 3検体 健常者: 3名 末梢血単核球: 3検体 各検体からCD19+細胞およびT細胞を1検体ずつ取得: 合計 26検体
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NextSeq 500]
- 試料説明
JGAS000693: 末梢血から分取したCD4+CD45RA-CD25hiCD127lo Treg細胞から抽出したRNA JGAS000630: CD19+細胞検体およびT細胞検体から抽出したRNA
- ライブラリ構築
NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit、takara smarter kit
- 断片化
上記キットに準拠
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
36 bp x 2
- 解析方法
CLC Genomics Workbench
- マッピング
CLC Genomics Workbench
- リファレンス配列
hg19
- 遺伝子数
57,768
- JGAデータセットAccession
JGAD000826: 関節リウマチ、健常者
- 総データ量
JGAD000826: 5.7 GB(fastq、transcripts per million(TPM)をまとめたcsvファイル) JGAD000760: 26.0 GB(fastq)
- 利用ポリシー