データセット ID

JGAD000797

Name: JGAD000797: NGS（RNA-seq、small RNA-seq、CUT&TAG-seq、Methyl-seq）
Published: 2024-09-26

解析手法

材料と対象者: 妊娠高血圧症候群（ICD10：O149）：6症例6検体（分娩後の胎盤と脱落膜組織から分離した栄養膜細胞）
正常妊娠：3名3検体（分娩後の胎盤と脱落膜組織から分離した栄養膜細胞）; 健康状態
混在
対象者数
9 (人数)
性別
女性
疾患: 妊娠高血圧症候群 (O149)
試料説明: 栄養膜細胞より抽出したRNA; 組織
細胞性栄養膜細胞、脱落膜、胎盤
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: RNA-seq
測定対象: N/A
試薬キット: Nextera XT DNA Library Prep Kit
SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
断片化: Nextera XT DNA Library Prep Kit のプロトコルに準拠
プラットフォーム: Illumina HiSeq 2500
Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 101 bp
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: 妊娠高血圧症候群（ICD10：O149）：6症例6検体（分娩後の胎盤と脱落膜組織から分離した栄養膜細胞）
正常妊娠：3名3検体（分娩後の胎盤と脱落膜組織から分離した栄養膜細胞）
妊娠高血圧症候群の分娩後の胎盤と脱落膜組織から樹立したヒト胎盤幹細胞株：3検体; 健康状態
混在
対象者数
12 (混在)
性別
女性
疾患: 妊娠高血圧症候群 (O149)
試料説明: 栄養膜細胞およびヒト胎盤幹細胞株より抽出したRNA; 組織
細胞性栄養膜細胞、栄養膜幹細胞
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
細胞株: Trophoblast stem cell (TS)
試料の入手元: N/A
実験方法: Small RNA-seq
測定対象: N/A
試薬キット: SMARTer smRNA-Seq Kit for Illumina
断片化: N/A
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: シングルエンド
リード長: 150 bp
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: 妊娠高血圧症候群（ICD10：O149）：6症例36検体（分娩後の胎盤と脱落膜組織から分離した栄養膜細胞、6抗体ずつ）
正常妊娠：3名18検体（分娩後の胎盤と脱落膜組織から分離した栄養膜細胞、6抗体ずつ）; 健康状態
混在
対象者数
9 (人数)
性別
女性
疾患: 妊娠高血圧症候群 (O149)
試料説明: 栄養膜細胞を抗ヒストン抗体（K4me1、K4me3、K27ac、K36me3、K27m3、K9me3）およびpAG-Tn5 transposaseとインキュベーション後得られたDNA断片; 組織
細胞性栄養膜細胞
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: CUT&TAG-seq
測定対象: N/A
試薬キット: N/A
断片化: Tn5 transposase
プラットフォーム: Illumina HiSeq 2500
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 26 bp
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: 妊娠高血圧症候群（ICD10：O149）：3症例3検体（分娩後の胎盤と脱落膜組織から分離した栄養膜細胞）
正常妊娠の分娩後の胎盤と脱落膜組織から樹立したヒト胎盤幹細胞株：2検体
妊娠高血圧症候群の分娩後の胎盤と脱落膜組織から樹立したヒト胎盤幹細胞株：3検体; 健康状態
混在
対象者数
8 (混在)
性別
女性
疾患: 妊娠高血圧症候群 (O149)
試料説明: 栄養膜細胞およびヒト胎盤幹細胞株より抽出したDNA; 組織
細胞性栄養膜細胞、栄養膜幹細胞
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
細胞株: Trophoblast stem cell (TS)
試料の入手元: N/A
実験方法: Methyl-seq
測定対象: N/A
試薬キット: Accel-NGS Methyl-Seq DNA Library Kit
断片化: Bisulfite変換に伴うDNA切断（EZ DNA Methylation-Gold Kit）
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 150 bp
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)