データセット ID
JGAD000775
- データの種類
- NGS（Exome）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 54.5 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0427
- 公開日
- 2023-11-02
- 更新日
- 2026-04-03
- DDBJ Search
- JGAD000775 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000645 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 外耳道扁平上皮がん（ICD10：C44.2）：1症例（3検体）
非腫瘍組織（末梢血単核細胞）、腫瘍原発巣組織、腫瘍原発巣組織から樹立した細胞株：各1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 外耳道扁平上皮がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織、ならびに細胞株から抽出したDNA
- 組織末梢血単核球 (PBMC)、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V6
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- MGI DNBSEQ-G400
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
ChIP-seq
- 材料と対象者
- 側頭骨扁平上皮がん（ICD10：C44.2）：5症例
【H3K27Ac抗体による免疫沈降】
腫瘍組織（原発巣腫瘍組織）：5検体
非腫瘍組織（正常皮膚組織）：2検体
【YAP抗体による免疫沈降】
腫瘍組織：2検体
非腫瘍組織：2検体
全ての患者由来のサンプルを混合したPooled Input DNA：1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数5 (人数)
- 疾患
- 側頭骨扁平上皮がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNAに対し、H3K27Ac抗体もしくはYAP抗体で免疫沈降
- 組織皮膚
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ChIP-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- DNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 500
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 75 bp