2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2025-10-01
- 更新日
- 2025-10-01
- 研究
- hum0404
- データの種類
- NGS(scRNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000620
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
心筋症(ICD10: I42.0): 1症例 心筋症症例から樹立したiPS細胞由来分化心筋細胞にGFPまたはS-RBD-sfGFPを添加: 計2検体
- 実験方法
scRNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq X Ten]
- 試料説明
iPS細胞由来分化心筋細胞から抽出したRNA
- ライブラリ構築
Chromium Next GEM Single Cell 3' Reagent Kits v3.1
- 断片化
上記キットに準拠
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
91 bp
- 解析方法
Cell Ranger v7.0.1
- フィルタリング
Unique Molecular Identifiers (UMI)数(バーコード当たり，log2): 10 - 17 発現遺伝子数(バーコード当たり，log2): > 7 ミトコンドリア由来UMI比率: > 20%のバーコードを除外
- マッピング
Cell Ranger v7.0.1
- リファレンス配列
refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0
- 遺伝子数
GFP: 23,234 S-RBD-sfGFP: 23,349
- JGAデータセットAccession
- Genomic Expression Archive Accession
- 総データ量
JGAD000749: 66.7 GB(fastq) E-GEAD-628: 133 MB(barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz)
- 利用ポリシー