データセット ID
JGAD000747
- データの種類
- NGS（Exome、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 69.2 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0401
- 公開日
- 2023-06-29
- 更新日
- 2023-06-29
- DDBJ Search
- JGAD000747 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000618 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 悪性骨巨細胞腫（ICD10：C419）：1症例
腫瘍組織（2回目手術検体）：1検体
腫瘍組織（3回目手術検体）：1検体
腫瘍組織のオルガノイドを移植したxenograftの腫瘍組織：1検体 - 健康状態混在
- 対象者数10 (混在)
- 疾患
- 悪性骨巨細胞腫
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 組織筋肉、PDX (患者由来異種移植)
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V6
- 断片化
- 超音波断片化 （Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
Illumina NovaSeq X Plus - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 悪性骨巨細胞腫（ICD10：C419）：1症例
非腫瘍組織（筋肉組織）：1検体
腫瘍組織（2回目手術検体）：1検体
腫瘍組織（3回目手術検体）：1検体
腫瘍組織から作製したオルガノイド：2検体
腫瘍組織のオルガノイドを移植したxenograftの腫瘍組織：3検体 - 健康状態混在
- 対象者数9 (混在)
- 疾患
- 悪性骨巨細胞腫
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
- 組織筋肉、オルガノイド、PDX (患者由来異種移植)
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- MGIEasy RNA Directional Library Prep Set
- 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- MGI DNBSEQ-G400
MGI DNBSEQ-T7 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp