2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2022-12-02
- 更新日
- 2026-08-20
- 研究
- hum0358
- データの種類
- NGS (Exome、RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000582
解析手法
WES
- 材料と対象者
子宮頸がん (ICD10: C539) 【JGAS000582】4症例: 腫瘍組織 (8検体) ・末梢血もしくは腫瘍近傍の正常組織 (4検体) 【JGAS000586】1症例: 腫瘍組織・腫瘍組織由来オルガノイド・末梢血の3検体
- 実験方法
Exome
- ターゲット
NA
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織、腫瘍組織由来オルガノイド、末梢血もしくは腫瘍周辺正常組織から抽出したDNA
- 細胞株
NA
- ライブラリ構築
Twist Comprehenive exome
- 断片化
超音波断片化 (Covaris S220)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- マッピング
bwa、bowtie2
- マッピング品質
30以上
- リファレンス配列
hg38
- カバレッジ
168x (39x - 318x)
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
JGAD000708: 76 GB (bam) JGAD000713: 25.5 GB (fastq)
- 利用ポリシー
RNA-seq
- 材料と対象者
子宮頸がん (ICD10: C539) 【JGAS000582】5症例: 同一腫瘍内複数検体 (77検体) 【JGAS000586】1症例: 腫瘍組織・腫瘍由来オルガノイドの2検体 【JGAS000586】13症例: 腫瘍組織 (13検体) 【JGAS000640】3症例: 正常子宮頸部由来オルガノイド (各1検体ずつ計3検体) 【JGAS000640】1症例: 正常子宮頸部マイクロダイセクションで取得した非腫瘍組織 (4検体) NIKS18細胞株 【JGAS000640】 siRNAで NPM3をノックダウン (siNPM3) : 2検体 【JGAS000640】 siRNAのnegative controlでノックダウン (siNC) : 3検体
- 実験方法
RNA-seq
- ターゲット
NA
- プラットフォーム
Illumina [MiSeq]
- 試料説明
腫瘍組織、非腫瘍組織、腫瘍組織および正常子宮頸部由来オルガノイド、ならびに細胞株由来検体から抽出したRNA
- 細胞株
NIKS18: ヒトケラチノサイト細胞株NIKS (ATCC CRL-12191) にHPV18エピゾームを導入した細胞株
- ライブラリ構築
Nextera XT DNA Library Preparation Kit
- 断片化
Nextera XT transposome
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
75 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
JGAD000708: 76 GB (bam) JGAD000713: 25.5 GB (fastq) JGAD000770: 19.8 GB (fastq)
- 利用ポリシー