データセット ID
JGAD000708
- データの種類
- NGS（Exome、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 76.0 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0358
- 公開日
- 2022-12-02
- 更新日
- 2022-12-02
- DDBJ Search
- JGAD000708 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000582 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 子宮頸がん（ICD10：C539）
4症例：腫瘍組織（8検体）・末梢血もしくは腫瘍近傍の正常組織（4検体） - 健康状態罹患
- 対象者数15 (検体数)
- 疾患
- 子宮頸がん
- 試料説明
- 腫瘍組織、腫瘍組織由来オルガノイド、末梢血もしくは腫瘍周辺正常組織から抽出したDNA
- 組織オルガノイド、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Twist Comprehensive Exome Panel
- 断片化
- 超音波断片化 （Covaris S220）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- bwa、bowtie2
- マッピング品質
- 30以上
- カバレッジ (深度)
- 168x
39–318x (範囲)
RNA-seq
- 材料と対象者
- 子宮頸がん（ICD10：C539）
5症例：同一腫瘍内複数検体（77検体） - 健康状態混在
- 対象者数104 (検体数)
- 疾患
- 子宮頸がん
- 試料説明
- 腫瘍組織、非腫瘍組織、腫瘍組織および正常子宮頸部由来オルガノイド、ならびに細胞株由来検体から抽出したRNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 細胞株
- NIKS18
- 試料の入手元
- NIKS18:ヒトケラチノサイト細胞株NIKS（ATCC CRL-12191）にHPV18エピゾームを導入した細胞株
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Nextera XT DNA Library Prep Kit
- 断片化
- Nextera XT transposome
- プラットフォーム
- Illumina MiSeq
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 75 bp