データセット ID
JGAD000705
- データの種類
- NGS（Amplicon-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 169 MB
- ファイル形式
- VCF
- 研究
- hum0377
- 公開日
- 2022-11-28
- 更新日
- 2022-11-28
- DDBJ Search
- JGAD000705 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000579 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA Amplicon-seq
- 材料と対象者
- LQTS（ICD10：I45.81）：556症例
- 健康状態罹患
- 対象者数556 (人数)
- 疾患
- LQTS (I458)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Amplicon-seq
- 測定対象
- LQTSの原因遺伝子として報告されている15遺伝子および候補遺伝子85遺伝子領域*1
- 試薬キット
- Ion AmpliSeq Library Kit for Chef DL8
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Thermo Fisher Scientific Ion Proton
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 119 bp (平均)
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- Ion Torrent Variant Caller
- マッピング品質
- Mapped reads：2,485,134
On target region：98.21% - 解析方法
- Ion Torrent Variant Caller
- カバレッジ (深度)
- 473.5x