データセット ID
JGAD000653
- データの種類
- NGS（Target Capture、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 970 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0094
- 公開日
- 2022-11-29
- 更新日
- 2022-11-29
- DDBJ Search
- JGAD000653 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000534 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 唾液腺導管がん（ICD10：C089）：67症例67検体（凍結検体：19症例19検体、FFPE：48症例48検体）
- 健康状態罹患
- 対象者数67 (人数)
- 疾患
- 唾液腺導管がん
- 試料説明
- 乳がん、肺腺がん、大腸がん、デスモイド腫瘍、肺多形がんおよび唾液腺導管がんの切除標本、凍結検体ならびにFFPE（腫瘍組織）から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina
TruSeq RNA Exome - 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
Illumina HiSeq 2500 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 唾液腺導管がん: 132 bp
133 bp
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 唾液腺導管がん（ICD10：C089）：67症例67検体（凍結検体：19症例19検体、FFPE：48症例48検体、正常周囲組織：66症例66検体）
- 健康状態罹患
- 対象者数67 (人数)
- 疾患
- 唾液腺導管がん
- 試料説明
- 肺多形がん、大腸がん、唾液腺導管がんの凍結検体もしくはFFPE（腫瘍組織およびペア非腫瘍組織）から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- Todai OncoPanel
http://todaioncopanel.umin.jp/ - 試薬キット
- SureSelect Custom
- 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 唾液腺導管がん: 128 bp
132 bp
133 bp
145 bp - 参照ゲノム
- GRCh38