データセット ID
JGAD000624
- データの種類
- NGS（Exome、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 1.0 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- VCF
- TSV
- 研究
- hum0327
- 公開日
- 2022-02-14
- 更新日
- 2022-02-14
- DDBJ Search
- JGAD000624 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000507 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 肝細胞がん（ICD10：C22.0）：28症例
転移性肝がん（ICD10：C22.7）：18症例
（腫瘍組織および非腫瘍組織のペア） - 健康状態罹患
- 対象者数46 (人数)
- 疾患
- 肝細胞がん (C220)
転移性肝がん (C227) - 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect XT Reagent Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris S220）
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 550
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 肝細胞がん（ICD10：C22.0）：28症例
転移性肝がん（ICD10：C22.7）：18症例
（腫瘍組織および非腫瘍組織のペア） - 健康状態罹患
- 対象者数46 (人数)
- 疾患
- 肝細胞がん (C220)
転移性肝がん (C227) - 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Strand-Specific RNA Library Prep Kit
TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit - 断片化
- 超音波断片化（Covaris S220）
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 550
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 75 bp