データセット ID
JGAD000604
- データの種類
- NGS（Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 83.9 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- VCF
- 研究
- hum0319
- 公開日
- 2022-01-19
- 更新日
- 2022-01-19
- DDBJ Search
- JGAD000604 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000487 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| 55SNPsList.xlsx | 55 SNPs | 11.2 KB |
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 前立腺がん（ICD10：C61）の確定診断のために前立腺生検を行う患者：1,336症例
- 健康状態罹患
- 対象者数1336 (人数)
- 性別男性
- 疾患
- 前立腺がん (C61)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- 日本人の前立腺がんと関連が報告されている55 SNPsおよび、前立腺がん発症との関連が報告されてる8遺伝子（ATM, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CHEK2, HOXB13, NBN, PALB2）の全エクソン領域
- 試薬キット
- KAPA HiFi DNA Polymerase
2X Platinum Multiplex PCR Master Mix - 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37