データセット ID
JGAD000481
- データの種類
- NGS（Exome、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 3.1 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0300
- 公開日
- 2021-11-30
- 更新日
- 2021-11-30
- DDBJ Search
- JGAD000481 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000367 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 食道扁平上皮がん（ICD10：C15）：88症例
（腫瘍組織および非腫瘍組織ペア） - 健康状態罹患
- 対象者数88 (人数)
- 疾患
- 食道扁平上皮がん (C15)
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 食道扁平上皮がん（ICD10：C15）：57症例
（腫瘍組織および非腫瘍組織ペア） - 健康状態罹患
- 対象者数57 (人数)
- 疾患
- 食道扁平上皮がん (C15)
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Ribo-Zero Gold Kit
TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit - 断片化
- TruSeq Stranded mRNA Sample Prep Kitを使用
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp