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NBDC ヒトデータベース
JGAD000425
公開日
2021-08-10

更新日
2021-08-10

研究
hum0114

データの種類
NGS(WGS + Target Capture、Target Capture)

アクセス制限
制限公開(Type I)

JGA Study
JGAS000314

解析手法

WGS + Targeted DNA sequencing

材料と対象者

日本人細胞株(JBIC細胞株): 689検体

実験方法

WGS、Target Capture

ターゲット

KIR遺伝子

プラットフォーム

WGS: Illumina [HiSeq X Ten、NovaSeq] Target Capture: Illumina [MiSeq]

試料説明

日本人細胞株から抽出したDNA

ライブラリ構築

KAPA Hyper Prep Plus、SeqCap EZ choice

断片化

WGS: 超音波断片化 Target Capture: 酵素反応

リードタイプ

Paired-end

リード長

WGS: 151 bp Target Capture: 350/250 bp

マッピング

bwa

リファレンス配列

GRCh37

バリアント数

1,959

JGAデータセットAccession
総データ量

1.1MB(vcf)

利用ポリシー

WGS + Targeted DNA sequencing

材料と対象者

日本人細胞株(JBIC細胞株): 1,173検体

実験方法

Target Capture

ターゲット

KIR遺伝子

プラットフォーム

Illumina [MiSeq]

試料説明

日本人細胞株から抽出したDNA

ライブラリ構築

KAPA Hyper Prep Plus、SeqCap EZ choice

断片化

酵素反応

リードタイプ

Paired-end

リード長

350/250 bp

マッピング

bwa

リファレンス配列

GRCh37

カバレッジ

140.6

バリアント数

118

JGAデータセットAccession
総データ量

0.3 MB(txt)

利用ポリシー