データセット ID
JGAD000425
- データの種類
- NGS（WGS + Target Capture、Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 1.1 MB
- ファイル形式
- VCF
- TXT
- 研究
- hum0114
- 公開日
- 2021-08-10
- 更新日
- 2021-08-10
- DDBJ Search
- JGAD000425 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000314 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS + Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 日本人細胞株（JBIC細胞株）：689検体
- 対象者数1173 (検体数)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 日本人細胞株から抽出したDNA
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- KIR遺伝子
- 試薬キット
- KAPA HyperPlus Kit
SeqCap EZ Choice - 断片化
- WGS：超音波断片化
Target Capture：酵素反応 - プラットフォーム
- Illumina MiSeq
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- WGS: 151 bp
ターゲットキャプチャ: 350 bp
ターゲットキャプチャ: 250 bp - 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- bwa
- バリアント数
- 1959
WGS + Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 日本人細胞株（JBIC細胞株）：1,173検体
- 対象者数689 (検体数)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 日本人細胞株から抽出したDNA
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
WGS - 測定対象
- KIR遺伝子
- 試薬キット
- KAPA HyperPlus Kit
SeqCap EZ Choice - 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
Illumina MiSeq
Illumina NovaSeq - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 350 bp
250 bp - 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- bwa
- カバレッジ (深度)
- 140.6x
- バリアント数
- 118