データセット ID
JGAD000423
- データの種類
- NGS（scRNA-seq）
NGS（bulk RNA-seq） - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 280 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- CSV
- 研究
- hum0147
- 公開日
- 2022-02-10
- 更新日
- 2022-02-10
- DDBJ Search
- JGAD000423 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000312 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 健常人：1名（STR5）
がん：5症例
膀胱がん（ICD10：C67）、大腸がん（ICD10：C20）、腎がん（ICD10：C64）、肺がん（ICD10：C34.3）、卵巣がん（ICD10：C56） - 健康状態混在
- 対象者数6 (人数)
- 疾患
- 膀胱がん (C67)
大腸がん (C20)
腎がん (C64)
肺がん (C343)
卵巣がん (C56) - 試料説明
- 健常人末梢血T細胞およびがん患者腫瘍浸潤T細胞から抽出したRNA
- 組織末梢血単核球 (PBMC)、末梢血、TIL
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- BD Rhapsody Targeted mRNA Kit
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 3000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
bulk RNA-seq
- 材料と対象者
- 腎がん（ICD10：C64）：2症例
末梢血T細胞：各6分画（Fr1, Fr2, Fr3, Fr4, Fr5, Fr6）
腫瘍浸潤T細胞：各4分画（Fr2, Fr3, Fr4, Fr5）
肺がん（ICD10：C34）：3症例
腫瘍浸潤T細胞：各2分画 - 健康状態罹患
- 対象者数5 (人数)
- 疾患
- 腎がん (C64)
肺がん (C34) - 試料説明
- 末梢血T細胞分画および腫瘍浸潤T細胞分画から抽出したRNA
- 組織末梢血単核球 (PBMC)、末梢血、TIL
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- KAPA Hyper Prep Kit
- 断片化
- KAPA Frag
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 4000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp