データセット ID
JGAD000384
- データの種類
- NGS（RNA-seq、Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 682 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0251
- 公開日
- 2022-11-29
- 更新日
- 2022-11-29
- DDBJ Search
- JGAD000384 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000278 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0251_ | 110遺伝子 | 10.7 KB |
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- フィラデルフィア染色体陰性B-ALL（ICD10：C91.0）：122症例
- 健康状態罹患
- 対象者数122 (人数)
- 年齢層成人
- 疾患
- フィラデルフィア染色体陰性B-ALL (C910)
- 試料説明
- 白血病細胞から抽出したRNA
- 組織Leukemia cell
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 125 bp
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- フィラデルフィア染色体陰性B-ALL（ICD10：C91.0）：148症例
- 健康状態罹患
- 対象者数148 (人数)
- 年齢層成人
- 疾患
- フィラデルフィア染色体陰性B-ALL (C910)
- 試料説明
- 白血病細胞から抽出したDNA
- 組織Leukemia cell
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- 110遺伝子
- 試薬キット
- SureSelect XT Low Input
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 125 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- bwa
- マッピング品質
- > 20
- カバレッジ (深度)
- 570x