データセット ID
JGAD000356
- データの種類
- NGS（RNA-seq、CAGE-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 164 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BED
- 研究
- hum0243
- 公開日
- 2020-11-25
- 更新日
- 2020-11-25
- DDBJ Search
- JGAD000356 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000253 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- ヒト急性骨髄性白血病（ICD10：C920）：114症例166検体
臍帯血24検体から得られた細胞：44検体 - 健康状態混在
- 対象者数138 (混在)
- 疾患
- ヒト急性骨髄性白血病
- 試料説明
- ヒト急性骨髄性白血病の患者末梢血もしくは骨髄液、患者検体を移植し白血病を発症したマウスの骨髄液もしくは脾臓細胞から得られたヒト白血病細胞、および臍帯血から得られた細胞から抽出したRNA
- 組織骨髄、臍帯血、末梢血、脾臓
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 50 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
CAGE-seq
- 材料と対象者
- ヒト急性骨髄性白血病（ICD10：C920）：27症例27検体（25症例はRNA-seqと重複）
- 健康状態罹患
- 対象者数27 (人数)
- 疾患
- ヒト急性骨髄性白血病
- 試料説明
- ヒト急性骨髄性白血病の患者末梢血もしくは骨髄液、患者検体を移植し白血病を発症したマウスの骨髄液もしくは脾臓細胞からえられたヒト白血病細胞から抽出したRNA
- 組織骨髄、末梢血、脾臓
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- CAGE-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Low Quantity ssCage
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 47 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38