2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2020-11-25
- 更新日
- 2020-11-25
- 研究
- hum0243
- データの種類
- NGS(RNA-seq、CAGE-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000253
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
ヒト急性骨髄性白血病(ICD10: C920): 114症例166検体 臍帯血24検体から得られた細胞: 44検体
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500]
- 試料説明
ヒト急性骨髄性白血病の患者末梢血もしくは骨髄液、患者検体を移植し白血病を発症したマウスの骨髄液もしくは脾臓細胞から得られたヒト白血病細胞、および臍帯血から得られた細胞から抽出したRNA
- ライブラリ構築
NEXT Ultra DNA Library Prep kit for Illumina
- 断片化
超音波断片化(Covaris)
- リードタイプ
Single-end
- リード長
50 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
152 GB(fastq、bed [ref: GRCh38])
- 利用ポリシー
CAGE-seq
- 材料と対象者
ヒト急性骨髄性白血病(ICD10: C920): 27症例27検体(25症例はRNA-seqと重複)
- 実験方法
CAGE-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500]
- 試料説明
ヒト急性骨髄性白血病の患者末梢血もしくは骨髄液、患者検体を移植し白血病を発症したマウスの骨髄液もしくは脾臓細胞からえられたヒト白血病細胞から抽出したRNA
- ライブラリ構築
Low Quantity single strand CAGE protocol *1(See also: https://www.protocols.io/view/low-quantity-single-strand-cage-protocol-10bbwkipcw)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
47 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
152 GB(fastq、bed [ref: GRCh38])
- 利用ポリシー