データセット ID
JGAD000315
- データの種類
- NGS（Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 239 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0222
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-11-18
- DDBJ Search
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- JGA Study
- JGAS000224 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| 119genes_ | 119遺伝子 | 10.4 KB |
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 乳がん（ICD10：C50）：115症例（124検体）
原発巣腫瘍組織と末梢血ペア：108症例（116検体）
原発巣腫瘍組織のみ：7症例（8検体） - 健康状態罹患
- 対象者数124 (検体数)
- 疾患
- 乳がん (C50)
- 試料説明
- 腫瘍組織及び末梢血から抽出したDNA
- 組織乳房、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- 家族性乳がんの既知原因遺伝子（BRCA1, BRCA2, STK11,
NBN, ATM, CHEK2, PALB2, TP53, PTEN, CDH1, RAD51D,
RAD51C, BRIP1, RAD50, XRCC2, RAD51B, NF1, EPCAM,
MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, BARD1, MRE11A, FANCC,
BLM, FAM175A, RINT1, FANCM, RECQL）を含む119遺伝子 - 試薬キット
- KAPA HyperPlus Kit
SureSelect Custom - 断片化
- 血液 108検体：超音波断片化（Covaris）
腫瘍 49検体：超音波断片化（Covaris）
腫瘍 75検体：酵素反応（KAPA HyperPlus Kit） - プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 101 bp