データセット ID
JGAD000256
- データの種類
- NGS（WGS）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 1.0 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- VCF
- BEDPE
- 研究
- hum0053
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-11-18
- DDBJ Search
- JGAD000256 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000176 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 悪性胸膜中皮腫：12症例（腫瘍組織）
- 健康状態罹患
- 対象者数12 (人数)
- 試料説明
- 悪性胸膜中皮腫患者の外科手術検体（腫瘍組織）から樹立した中皮腫細胞株より抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Genome Library v2
- 断片化
- Chromium Genome Library & Gel Bead Kit v2
- プラットフォーム
- 10x Genomics Chromium
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Long Ranger Pipeline
- QC・フィルタリング
- default of 10x genomics SV-calling algorithms
- 解析方法
- Long Ranger Pipeline
- カバレッジ (深度)
- 46x
- バリアント数
- 2399