データセット ID
JGAD000214
- データの種類
- NGS（RNA-seq）
NGS（ChIP-seq）
NGS（PBAT-seq）
NGS（ATAC-seq） - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 1.8 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- BZIP2
- 研究
- hum0147
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-11-18
- DDBJ Search
- JGAD000214 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000145 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 健常人：2名（STR1、STR5）
- 健康状態健常
- 対象者数2 (人数)
- 試料説明
- 健常人末梢血下記5分画から抽出したRNA
・Fraction 1：naive Treg
・Fraction 2：effector Treg
・Fraction 3：Foxp3+ effector conventional T cells
・Fraction 5：effector conventional T cells
・Fraction 6：naive T cells - 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- KAPA Library Preparation Kit
- 断片化
- KAPA Frag
- プラットフォーム
- Thermo Fisher Scientific Ion S5
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 150 bp (平均)
ChIP-seq
- 材料と対象者
- 健常人：1名（STR1）
- 健康状態健常
- 対象者数1 (人数)
- 試料説明
- 健常人末梢血下記5分画から抽出したDNAに対し、抗ヒストン抗体（H3K27ac）を用いて免疫沈降
・Fraction 1：naive Treg
・Fraction 2：effector Treg
・Fraction 3：Foxp3+ effector conventional T cells
・Fraction 5：effector conventional T cells
・Fraction 6：naive T cells - 組織Effector T cell、Effector Treg cell、Foxp3+ effector T cell、Naive T cell、Naive Treg cell
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ChIP-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- KAPA Library Preparation Kit
- 断片化
- Branson model1250D
- プラットフォーム
- Thermo Fisher Scientific Ion S5
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 150 bp (平均)
PBAT-seq
- 材料と対象者
- 健常人：4名（STR1、STR5、STR6、BDR1）
- 健康状態健常
- 対象者数4 (人数)
- 試料説明
- 健常人末梢血下記5分画から抽出したDNA
・Fraction 1：naive Treg
・Fraction 2：effector Treg
・Fraction 3：Foxp3+ effector conventional T cells
・Fraction 5：effector conventional T cells
・Fraction 6：naive T cells - 組織Effector T cell、Effector Treg cell、Foxp3+ effector T cell、Naive T cell、Naive Treg cell
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- PBAT-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- EZ DNA Methylation-Gold Kit
Accel-NGS Methyl-Seq DNA Library Kit - 断片化
- ACCEL-NGS METHYL-SEQ DNA LIBRARY KIT ver3.0
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- 混在
- リード長
- 100 bp
150 bp - 参照ゲノム
- GRCh38
ATAC-seq
- 材料と対象者
- 健常人：2名（STR1、STR5）
- 健康状態健常
- 対象者数2 (人数)
- 試料説明
- 健常人末梢血下記5分画から抽出したDNA
・Fraction 1：naive Treg
・Fraction 2：effector Treg
・Fraction 3：Foxp3+ effector conventional T cells
・Fraction 5：effector conventional T cells
・Fraction 6：naive T cells - 組織Effector T cell、Effector Treg cell、Foxp3+ effector T cell、Naive T cell、Naive Treg cell
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ATAC-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- KAPA Library Preparation Kit
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Thermo Fisher Scientific Ion S5
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 150 bp (平均)