データセット ID
JGAD000130
- データの種類
- Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0により決定した日本人健常者418名のGentoypeデータ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 42.2 GB
- ファイル形式
- CEL
- CHP
- 研究
- hum0082
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-11-18
- DDBJ Search
- JGAD000130 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000120 (新しいタブで開きます)
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- 日本人健常者 ：418名
- 健康状態健常
- 対象者数418 (人数)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Genome-Wide Human SNP Array 6.0 Kit
- プラットフォーム
- Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0
- 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- overall call rate < 0.97、SNP call rate < 0.95、HWE P < 0.001、MAF < 0.01
- 解析方法
- Birdseed version 2
- バリアント数
- 647,318 SNPs