データセット ID
JGAD000085
- データの種類
- RNA-seqによる遺伝子発現量データ（FPKM情報）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 56.1 MB
- ファイル形式
- TAR
- 研究
- hum0099
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2025-10-27
- DDBJ Search
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- JGA Study
- JGAS000085 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 健常者：105名（男性21名、女性84名）
5種類の免疫細胞（CD4陽性T細胞、CD8陽性T細胞、B細胞、NK細胞、単球）および全血（計6サンプルずつ） - 健康状態健常
- 対象者数105 (人数)
- 性別混在
- 試料説明
- 5種類の免疫細胞（CD4陽性T細胞、CD8陽性T細胞、B細胞、NK細胞、単球）および全血より抽出したtotal RNA
- 組織B 細胞、CD4 陽性 T 細胞、CD8 陽性 T 細胞、単球、NK 細胞、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
- 熱変性
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 125 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- Tophat2
- QC・フィルタリング
- Total read counts < 2 x 10⁷ 、Mapping rates < 90%、Mean inter-sample correlation coefficients < 0.94
- 解析方法
- Cufflinks + Gencode version 19 gene model (in FPKM unit)
- リード数
- 平均 4.52 x 10⁷ / 4.39 x 10⁷