データセット ID
JGAD000021
- データの種類
- NGS(Exome 、RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開(Type I)
- 総データ量
- 2.3 TB
- ファイル形式
- BAM
- TAR
- 研究
- hum0017
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-11-18
- DDBJ Search
- JGAD000021 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000021 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- PCNSL患者:41症例
- 健康状態罹患
- 対象者数41 (人数)
- 試料説明
- 脳外科手術によって摘出されたPCNSL試料
同一患者より得られた末梢血単核球の
計41ペアから抽出したゲノムDNA - 組織脳、末梢血単核球 (PBMC)、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina
SureSelect Human All Exon V5 - 断片化
- 超音波断片化(Covaris LE220)
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100–105 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
RNA-seq
- 材料と対象者
- PCNSL患者:30症例
- 健康状態罹患
- 対象者数30 (人数)
- 試料説明
- 脳外科手術によって摘出されたPCNSL試料から抽出したRNA
- 組織脳
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 上記kit中のRNA Seq Fragmentation Mix
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp