データセット ID
JGAD000018
- データの種類
- HLA領域（7座位）の遺伝子型情報およびHLAアリル情報
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 35.4 MB
- ファイル形式
- BED
- BIM
- FAM
- TXT
- 研究
- hum0028
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- DDBJ Search
- JGAD000018 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000018 (新しいタブで開きます)
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 日本人健常者：908名
- 健康状態健常
- 対象者数908 (人数)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- HLA領域（chr6:29,000,000-34,000,000, GRCh37）
対象変異数：8817個
（SNP：7149個, HLA 2-digit/4-digit：226個, HLA amino acid polymorphisms：1442個）
HLA座位：HLA-A, -C, -B, -DRB1, -DQA1, -DQB1, -DPA1, -DPB1 - 試薬キット
- HumanExome BeadChip Kit
HumanHap550 BeadChip Kit
HumanOmniExpress BeadChip Kit
Immunochip
WAKFlow HLA Typing Kit - プラットフォーム
- Illumina HumanExome
Illumina HumanHap550
Illumina HumanOmniExpress
Illumina Immunochip - 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- Sample Call rate < 0.98, SNP call rate < 0.99, HWE-P < 1x10^-6
- 解析方法
- GenCall software（GenomeStudio）
- バリアント数
- 8817 SNPs