データセット ID
E-GEAD-628
- データの種類
- NGS（scRNA-seq）
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 140 MB
- ファイル形式
- TXT
- TAR
- 研究
- hum0404
- 公開日
- 2023-12-06
- 更新日
- 2023-12-06
- DDBJ Search
- E-GEAD-628 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 心筋症（ICD10：I42.0）：1症例
心筋症症例から樹立したiPS細胞由来分化心筋細胞にGFPまたはS-RBD-sfGFPを添加：計2検体 - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 心筋症
- 試料説明
- iPS細胞由来分化心筋細胞から抽出したRNA
- 組織iPSC-derived cardiomyocyte
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 3' v3.1
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 91 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Cell Ranger v7.0.1
- QC・フィルタリング
- Unique Molecular Identifiers (UMI)数（バーコード当たり，log2）：10 - 17
発現遺伝子数（バーコード当たり，log2）： > 7
ミトコンドリア由来UMI比率： > 20%のバーコードを除外 - 解析方法
- Cell Ranger v7.0.1
- 遺伝子数
- GFP: 23,234
S-RBD-sfGFP: 23,349 - 表現型データの有無
- あり