hum0294-v2リリース情報

腫瘍浸潤T細胞サブセットのシングルセル解析

目的

｢切除不能局所進行食道扁平上皮癌を対象とした化学放射線療法後の逐次治療としてのアテゾリズマブ単独療法の安全性及び有効性を検討する多施設共同第Ⅱ相臨床相試験｣に付随するバイオマーカーの探索研究（通称：TENERGY-TR）に参加した食道がん患者の治療前の腫瘍と正常細胞のwhole exome sequencing（WES）解析と、治療前、放射線化学療法後、アテゾリズマブ投与後の3点の腫瘍生検検体のRNA-seq解析を実施し、治療効果予測バイオマーカー探索につなげること。
「切除不能進行・再発胃/食道胃接合部/食道腺癌患者を対象としたRegorafenib と Nivolumab 及び化学療法の同時併用療法の第 Ib/II 相臨床試験（通称：REGONIVOCTx）」に参加した胃がん・食道胃接合部がん患者を対象に、治療前、治療中および病勢増悪時に採取した腫瘍検体のscRNA-seqおよびscTCR-seq解析を行う。これにより、治療に伴う腫瘍微小環境の経時的変化を捉え、治療効果を予測するバイオマーカーの同定および治療耐性機序の解明を目指す。

研究方法

各時点で取得した凍結腫瘍サンプルまたは血液サンプルを対象に、AllPrep DNA/RNA Mini kit（Qiagen）を用いてDNA/RNAを抽出し、WESならびにRNA-seq解析を実施した。
10x Genomics Chromium Single Cell 5′ v2キットを用いてライブラリを構築し、scRNA-seqとscTCR-seq解析を実施した。

対象

TENERGY-TRに参加した食道がん28症例。
- WES：治療前の腫瘍組織（27検体）と正常組織（27検体）のペア、
- RNA-seq：治療前（28検体）、放射線化学療法後（25検体）、アテゾリズマブ投与後（25検体）の3点の腫瘍生検検体
REGONIVOCTx試験（EPOC2104）に登録された切除不能進行・再発胃がんまたは食道胃接合部がん14症例（胃がん12、食道胃接合部がん2）
- scRNA-seq/scTCR-seq：治療前（14検体：胃がん12、食道胃接合部がん2）、治療中（12検体：胃がん10、食道胃接合部がん2）、および増悪時（9検体：胃がん7、食道胃接合部がん2）の腫瘍検体

URL

• https://doi.org/10.1186/s12885-020-06716-5 (新しいタブで開きます)

研究代表者

熊谷 尚悟

所属機関

国立がん研究センター 先端医療開発センター 免疫トランスレーショナルリサーチ分野

研究代表者

板橋 耕太

所属機関

国立がん研究センター 先端医療開発センター 免疫トランスレーショナルリサーチ分野