2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
目的: 非小細胞肺がんにおける異常スプライシングアイソフォームとネオ抗原候補の同定
研究方法: ロングリードシークエンサー (MinION) により、がんに発現する転写産物の全長を同定した。また、ショートリードシークエンサーによるRNA sequence、whole exome sequenceデータと組み合わせ、異常転写産物から生じるネオ抗原候補を同定した。
対象: 非小細胞肺癌臨床検体 (7例、非腫瘍組織と腫瘍組織のペア)
データセット ID | アクセス制限 | データの種類 | 公開日 | |
|---|---|---|---|---|
| JGAD000345 | 制限公開（Type I） | NGS(Exome) NGS(RNA-seq [MinION]) NGS(RNA-seq [HiSeq 2500]) | 2020-12-10 | |
研究プロジェクト名 | URL |
|---|---|
| データなし | |
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム |
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| 科学研究費助成事業 若手研究 | ナノポアシークエンサーを用いたRNA合成及び分解の新規解析手法の開発 |
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| 科学研究費助成事業 若手研究 | 長鎖シークエンサーによる全長RNA解読が可能にするがんの新規ネオ抗原評価法の開発 |
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タイトル | DOI | データセット |
|---|---|---|
| データなし | ||
研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | データ利用期間 | 利用データID |
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| Deng Youping | University of Hawaii Manoa | USA | Identification of driver genes and somatic mutations for lung cancer diagnosis and prognosis | 2018-10-04—2029-07-10 | |
| 浜田道昭 | Waseda University | Japan | RNA標的創薬データベースの構築 | 2023-01-05—2027-10-31 | |
| 中岡博史 | Kagoshima University Graduate School of Medical and Dental Sciences | Japan | 大規模シーケンスデータを用いた乳がん関連遺伝子における活性低下型変異の研究 | 2022-08-17—2026-07-23 | |
| 河野隆志 | National Cancer Center Research Institute | Japan | AYA(Adolescence and Young Adult)世代がんの個別化予防に資する遺伝要因の同定を目指す研究 | 2021-12-02—2028-12-31 | |