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NBDC ヒトデータベース
JGAD000345
公開日
2020-12-10

更新日
2020-12-14

研究
hum0236

データの種類
NGS(Exome) NGS(RNA-seq [MinION]) NGS(RNA-seq [HiSeq 2500])

アクセス制限
制限公開(Type I)

JGA Study
JGAS000245

解析手法

WES

材料と対象者

非小細胞肺がん(ICD10: C349): 7症例 腫瘍組織: 7検体 非腫瘍組織: 7検体

実験方法

Exome

プラットフォーム

Illumina [HiSeq 2500]

試料説明

手術切除切片の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA

ライブラリ構築

SureSelect Human All Exon V5

断片化

超音波断片化(Covaris)

リードタイプ

Paired-end

リード長

75 bp

JGAデータセットAccession
総データ量

249 GB(fastq)

利用ポリシー

RNA-seq

材料と対象者

非小細胞肺がん(ICD10: C349): 7症例 腫瘍組織: 7検体 非腫瘍組織: 7検体

実験方法

RNA-seq

プラットフォーム

Nanopore[MinION]

試料説明

手術切除切片の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA

ライブラリ構築

SQK-LSK308

リードタイプ

Single-end

リード長

cDNA全長(全サンプルの平均リード長: 1614 bp)

JGAデータセットAccession
総データ量

249 GB(fastq)

利用ポリシー

RNA-seq

材料と対象者

非小細胞肺がん(ICD10: C349): 7症例 腫瘍組織: 7検体 非腫瘍組織: 7検体

実験方法

RNA-seq

プラットフォーム

Illumina [HiSeq 2500]

試料説明

手術切除切片の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA

ライブラリ構築

TruSeq Stranded mRNA kit

断片化

超音波断片化(Covaris)

リードタイプ

Paired-end

リード長

75 bp

JGAデータセットAccession
総データ量

249 GB(fastq)

利用ポリシー