データセット ID
JGAD000345
- データの種類
- NGS（Exome）
NGS（RNA-seq [MinION]）
NGS（RNA-seq [HiSeq 2500]） - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 268 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0236
- 公開日
- 2020-12-10
- 更新日
- 2020-12-10
- DDBJ Search
- JGAD000345 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000245 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 非小細胞肺がん（ICD10：C349）：7症例
腫瘍組織：7検体
非腫瘍組織：7検体 - 健康状態罹患
- 対象者数7 (人数)
- 疾患
- 非小細胞肺がん
- 試料説明
- 手術切除切片の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V5
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 75 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 非小細胞肺がん（ICD10：C349）：7症例
腫瘍組織：7検体
非腫瘍組織：7検体 - 健康状態罹患
- 対象者数7 (人数)
- 疾患
- 非小細胞肺がん
- 試料説明
- 手術切除切片の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SQK-LSK308
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Oxford Nanopore Technologies MinION
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 1614 bp (cDNA全長、全サンプルの平均リード長)
RNA-seq
- 材料と対象者
- 非小細胞肺がん（ICD10：C349）：7症例
腫瘍組織：7検体
非腫瘍組織：7検体 - 健康状態罹患
- 対象者数7 (人数)
- 疾患
- 非小細胞肺がん
- 試料説明
- 手術切除切片の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 75 bp