研究題目
シークエンス解析によるがんゲノム研究：肝臓がん
研究概要
目的: 日本人の肝臓がんにおけるゲノム変異を探索する
研究方法: 肝臓がん切除切片における腫瘍組織および非腫瘍組織または末梢血より抽出したDNAもしくはRNAを使用したNGSライブラリーを作成後、Illumina HiSeqまたは Genome Analyzerにて塩基配列を決定する。
対象: 肝臓がん (肝細胞がん、肝内胆管がん、混合型肝がん) 患者の非腫瘍組織および腫瘍組織のDNA・RNA
2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC Research ID:hum0158-v3
リリース情報 データセット一覧
データセット ID | アクセス制限 | データの種類 | 公開日 | |
|---|---|---|---|---|
| JGAD000228 | 制限公開（Type I） | NGS(WGS) NGS(RNA-seq) | 2020-09-28 | |
| JGAD000404 | 制限公開（Type I） | NGS(WGS) NGS(RNA-seq) | 2021-05-25 | |
| JGAD000229 | 制限公開（Type I） | NGS(WGS) NGS(RNA-seq) | 2020-09-28 | |
提供者情報
- 研究代表者
- 中川 英刀
- 所属機関名
- 理化学研究所 生命医科学研究センター
研究プロジェクト情報
研究プロジェクト名 | URL |
|---|---|
| データなし | |
助成金情報
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| データなし | ||
関連論文
タイトル | DOI | 利用データID |
|---|---|---|
| Whole-genome mutational landscape and characterization of noncoding and structural mutations in liver cancer. | https://doi.org/10.1038/ng.3547 | |
| Genomic and Transcriptomic Profiling of Combined Hepatocellular and Intrahepatic Cholangiocarcinoma Reveals Distinct Molecular Subtypes. | https://doi.org/10.1016/j.ccell.2019.04.007 | |
制限公開データの利用者一覧
研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | データ利用期間 | 利用データID |
|---|---|---|---|---|---|
| 浜田道昭 | Waseda University | Japan | RNA標的創薬データベースの構築 | 2023-01-05—2027-10-31 | |
| 寶珍輝尚 | Kyoto Institute of Technology | Japan | 機械学習によるヒトゲノム変異の解析 | 2019-07-09—2022-03-23 | |
| Huang Jinyan | Zhejiang University | China | Comprehensive analysis of alternative splicing in malignant tumors | 2022-03-15—2024-01-02 | |
| 白石航也 | National Cancer Center Research Institute | Japan | ゲノム解析に基づく宿主並びに腫瘍における免疫応答ネットワーク機構の解明 | 2019-08-05—2029-03-31 | |
| LeeKichoon | (Filled by DDBJ) | USA | Allele-specific expression in humans | 2021-05-31—2025-01-01 | |
| 山本雅之 | Tohoku University | Japan | 日本人全ゲノムデータベースの構築 | 2019-06-24—2022-04-15 | |
| 小笠原理 | National Institute of Genetics | Japan | JGA/AGD ゲノムデータを利用したヒトゲノム解析ワークフローの評価 | 2019-10-11—2024-07-05 | |
| Tsai Robert | Texas A&M Health Science Center | USA | Genome-wide Discovery of new Plasma DNA Methylation Markers for Tracking the Progression of NAFLD to NASH and HCC | 2020-11-09—2023-07-25 | |