研究 ID
hum0130-v2リリース情報
このページは過去のバージョン (v2) です。最新のバージョンは v3 です。
最新バージョン (v3)研究題目
POEMS症候群の骨髄細胞における遺伝子異常の網羅的解析 / 造血器腫瘍と骨髄ニッチ細胞の遺伝子異常解析による分子病態の解明と新規治療薬開発の基盤構築
研究概要
- 目的
- POEMS症候群（polyneuropathy, organomegaly, endocrinopathy, M-Protein, and skin changes syndrome）における形質細胞の遺伝学的特徴を他の形質細胞性疾患と比較する。POEMS症候群患者の骨髄形質細胞におけるWhole Exome Sequencing, 標的シークエンス、bulk RNAシークエンス、更にシングルセルRNAシークエンスを行い、POEMSクローンの遺伝子発現の特徴を明らかにすることで、本疾患の分子病態解明を行う。
- 研究方法
- POEMS症候群における形質細胞のゲノム解析および3疾患（POEMS症候群、多発性骨髄腫、単クローン性免疫グロブリン血症 [monoclonal gammopathy of undetermined significance：MGUS]）の遺伝子発現解析。患者骨髄からCD138陽性形質細胞をMACSとFACSによって純化し、Fluidigm C1を用いてシングルセルソートとライブラリー作成を行い、Illumina HiSeq 3000にてRNAシークエンスを行った。また、SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing、NEBNext Ultra DNALibrary Prep Kitを用いてライブラリーを作成し、Illumina HiSeq 2000にてRNAシークエンスを行った。骨髄腫浸潤のない早期リンパ腫3症例の骨髄形質細胞からCD138陽性形質細胞をMACSとFACSによって純化し、抽出したRNAを用いたRNAシークエンスを行った。
- 対象
- POEMS症候群、多発性骨髄腫、MGUS、正常コントロール（骨髄浸潤のない悪性リンパ腫）の形質細胞。症例数は個別に記載。
- URL
- N/A
データセット
データセットの一覧はこのバージョンのものですが、各データセットの内容は現在のものを表示しています。
| カート | データセット ID | データの種類 | 解析手法 | アクセス制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|---|---|
| JGAD000226 | NGS（Exome、Target Capture、RNA-seq） |
| 制限公開（Type I） | 2020-09-28 | |
| JGAD000395 | NGS（scRNA-seq、bulk RNA-seq） |
| 制限公開（Type I） | 2022-09-15 |
提供者
- 研究代表者
- 堺田 恵美子
- 所属機関
- 千葉大学大学院医学研究院・細胞治療内科学（千葉大学病院 血液内科）
研究プロジェクト情報
研究プロジェクト情報はありません。
助成金情報
| 科研費・助成金名 | 研究課題名 | 研究課題番号 |
|---|---|---|
科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 骨髄微少環境と形質細胞の相互作用に基づいたPOEMS症候群の発症機構の解明 |
|
科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 次世代シークエンサーによるMRD検出法に基づくPOEMS症候群の治療戦略の確立 |
|
科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 骨髄形質細胞シングルセル解析によるPOEMS症候群の分子病態の解明 |
|
科学研究費助成事業 新学術領域研究（研究領域提案型）『学術研究支援基盤形成』 | 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム |
|
科学研究費助成事業 基盤研究（S） | 造血幹細胞エイジングを規定するエピジェネティック機構の統合的理解 |
|
科学研究費助成事業 新学術領域研究（研究領域提案型） | 幹細胞の運命決定に関わるクロマチン複製機構の解明 |
|
科学研究費助成事業 基盤研究（C） | POEMS症候群における微小クローン同定による診断治療戦略の確立 |
|
関連論文
| タイトル | DOI | データセット ID |
|---|---|---|
Genetic and transcriptional landscape of plasma cells in POEMS syndrome. | ||
Unraveling unique features of plasma cell clones in POEMS syndrome with single-cell analysis |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | データ利用期間 | データセット ID |
|---|---|---|---|---|---|
| 浜田 道昭 | 浜田研究室, 理工学術院, 早稲田大学 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | 2023-01-05 – 2027-10-31 | |
| 奥野 龍禎 | 神経内科学, 大阪大学大学院医学系研究科 | 日本 | 神経筋疾患の病態解明 | 2024-11-26 – 2025-10-30 |