データセット ID
JGAD000226
- データの種類
- NGS（Exome、Target Capture、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 186 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0130
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2024-06-17
- DDBJ Search
- JGAD000226 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000150 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- POEMS症候群（ICD10：C90.2）：15症例
- 健康状態罹患
- 対象者数15 (人数)
- 疾患
- POEMS症候群 (C902)
- 試料説明
- POEMS症候群の腫瘍細胞（骨髄形質細胞）と正常細胞（頬粘膜細胞）から抽出したDNA
- 組織骨髄、頬粘膜、Plasma cell
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- Coding exons
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V5
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 121 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- POEMS症候群（ICD10：C90.2）：20症例
- 健康状態罹患
- 対象者数20 (人数)
- 疾患
- POEMS症候群 (C902)
- 試料説明
- POEMS症候群の腫瘍細胞（骨髄形質細胞）と正常細胞（頬粘膜細胞）から抽出したDNA
- 組織骨髄、頬粘膜、Plasma cell
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- Coding exons of selected genes
- 試薬キット
- SureSelect Custom
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina MiSeq
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 273 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
RNA-seq
- 材料と対象者
- POEMS症候群（ICD10：C90.2）：5症例
多発性骨髄腫（ICD10：C90.0）：4症例
MGUS（ICD10：D47.2）：5症例
正常コントロール （骨髄浸潤のない悪性リンパ腫）：3症例 - 健康状態罹患
- 対象者数17 (人数)
- 疾患
- POEMS症候群 (C902)
多発性骨髄腫 (C900)
MGUS (D472) - 試料説明
- POEMS症候群、多発性骨髄腫、MGUS、骨髄浸潤のない悪性リンパ腫の腫瘍細胞（骨髄形質細胞）から抽出したRNA
- 組織骨髄、Plasma cell
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina
SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit - 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 1500
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 60 bp