hum0115 のリリース情報
hum0115-v1
2020-05-15- このリリースで追加されたデータセット
- リリースノート
- SEES 3に外来性遺伝子（主にtranscriptional factor：TF）を導入して樹立したES細胞株（TF-hESC）の発現データを提供する。RNA-seqでは計2300検体分のデータ（437遺伝子×2株（一部1株）×2条件以上）を非制限公開データとしてfastqファイルを、マイクロアレイ解析では計448検体分のデータ（116遺伝子×2株（一部1株）×2条件）を制限公開データとしてtxtファイルを、それぞれ提供する。
TFを導入したSEES3細胞から樹立したTF-hESCについて、それぞれの誘導および培養条件で培養した細胞からmRNAを抽出。SureSelect Strand Specific RNA Library Preparation Kit for Illumina（Agilent Technologies）を用いてRNA-seqのライブラリーを作成後、Illumina [HiSeq 2000/2500]により平均長50 bp（Single-end）、202もしくは302 bp（Paired-end）を読んだ。また、上記mRNAを対象とした、Agilent SurePrint G3 Human GE v2 8x60K Microarrayによるマイクロアレイ解析結果（補正前のintensityデータ）を提供する。