2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
目的: 転写因子などの外来性遺伝子カセットを誘導したトランスクリプトームの解析
研究方法: RNAシーケンスおよびマイクロアレイ解析
対象: SEES3に外来性遺伝子 (主にtranscriptional factor: TF) を導入して樹立したES細胞株 (TF-hESC) 。 ＜RNA-seq＞ 437種類のTFを導入した独立株2種 (品質解析の結果、遺伝子誘導が十分でない株については1株) を樹立し、TF誘導後もしくは非誘導条件で48時間後 (1774株) 、および、指定された時間培養した複数点 (406株) 、計2300検体分のデータ (437遺伝子×2株 (一部1株) ×2条件以上) 。 ＜マイクロアレイ解析＞ 116種類のTFを導入した独立株2種 (品質解析の結果、遺伝子誘導が十分でない株については1株) を樹立し、TF誘導後もしくは非誘導条件で48時間培養した、計448検体分のデータ (116遺伝子×2株 (一部1株) ×2条件) 。
データセット ID | アクセス制限 | データの種類 | 公開日 | |
|---|---|---|---|---|
| JGAD000132 | 制限公開（Type I） | マイクロアレイ | 2020-09-28 | |
| DRA006296 | 非制限公開 | NGS(RNA-seq) | 2019-10-18 | |
研究プロジェクト名 | URL |
|---|---|
| JST CREST: 研究領域「生命動態の理解と制御のための基盤技術の創出」 / 洪グループ「動的遺伝子ネットワークの多次元構造解析による高精度な細胞分化制御技術の開発」 | https://www.jst.go.jp/kisoken/crest/project/35/35_04.html |
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| CREST/生命動態の理解と制御のための基盤技術の創出 | 動的遺伝子ネットワークの多次元構造解析による高精度な細胞分化制御技術の開発 |
|
タイトル | DOI | 利用データID |
|---|---|---|
| Generation and Profiling of 2,135 Human ESC Lines for the Systematic Analyses of Cell States Perturbed by Inducing Single Transcription Factors | https://doi.org/10.1016/j.celrep.2020.107655 | |
研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | データ利用期間 | 利用データID |
|---|---|---|---|---|---|
| データなし | |||||