研究 ID
hum0115-v1リリース情報
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研究題目
動的遺伝子ネットワークの多次元構造解析による高精度な細胞分化制御技術の開発
研究概要
- 目的
- 転写因子などの外来性遺伝子カセットを誘導したトランスクリプトームの解析
- 研究方法
- RNAシーケンスおよびマイクロアレイ解析
- 対象
- SEES3に外来性遺伝子（主にtranscriptional factor：TF）を導入して樹立したES細胞株（TF-hESC）。
＜RNA-seq＞
437種類のTFを導入した独立株2種（品質解析の結果、遺伝子誘導が十分でない株については1株）を樹立し、TF誘導後もしくは非誘導条件で48時間後（1774株）、および、指定された時間培養した複数点（406株）、計2300検体分のデータ（437遺伝子×2株（一部1株）×2条件以上）。
＜マイクロアレイ解析＞
116種類のTFを導入した独立株2種（品質解析の結果、遺伝子誘導が十分でない株については1株）を樹立し、TF誘導後もしくは非誘導条件で48時間培養した、計448検体分のデータ（116遺伝子×2株（一部1株）×2条件）。
データセット
| カート | データセット ID | データの種類 | 解析手法 | アクセス制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|---|---|
| JGAD000132 | マイクロアレイ |
| 制限公開（Type I） | 2020-09-28 | |
| DRA006296 | NGS（RNA-seq） |
| 非制限公開 | 2019-10-18 |
提供者
- 研究代表者
- 洪 実
- 所属機関
- 慶應義塾大学医学部 坂口光洋記念システム医学講座
研究プロジェクト情報
| 研究プロジェクト名 | URL |
|---|---|
JST CREST：研究領域「生命動態の理解と制御のための基盤技術の創出」 / 洪グループ「動的遺伝子ネットワークの多次元構造解析による高精度な細胞分化制御技術の開発」 |
助成金情報
| 科研費・助成金名 | 研究課題名 | 研究課題番号 |
|---|---|---|
CREST/生命動態の理解と制御のための基盤技術の創出 | 動的遺伝子ネットワークの多次元構造解析による高精度な細胞分化制御技術の開発 |
|
関連論文
| タイトル | DOI | データセット ID |
|---|---|---|
Generation and Profiling of 2,135 Human ESC Lines for the Systematic Analyses of Cell States Perturbed by Inducing Single Transcription Factors |
制限公開データの利用者一覧
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