データセット ID
DRA006296
- データの種類
- NGS（RNA-seq）
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 2.2 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0115
- 公開日
- 2019-10-18
- 更新日
- 2020-05-08
- DDBJ Search
- DRA006296 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- SEES3にTFを導入して樹立したES細胞株（TF-hESC）：計2300検体
（437遺伝子×2株（一部1株）×2条件以上） - 対象者数2300 (検体数)
- 試料説明
- SEES3細胞に437種のTFをそれぞれ導入し、TF誘導後もしくは非誘導条件で48時間、および、指定された時間培養した細胞から抽出したmRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 細胞株
- hESC
iPSC - 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Strand-Specific RNA Library Prep Kit
- 断片化
- RNA Seq Fragmentation Mixと温度（94℃） によるRNAの断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
Illumina HiSeq 2500 - リードタイプ
- 混在
- リード長
- シングルエンド: 50 bp
ペアエンド: 202 bp
ペアエンド: 302 bp