研究題目
シークエンス解析によるがんゲノム研究：胆道がん
研究概要
目的: 日本人の胆道がんにおけるゲノム変異を探索する
研究方法: 胆道がん切除切片における非腫瘍組織 (正常組織) および腫瘍組織より抽出したDNA/RNAを使用したNGSライブラリーを作成後、Illumina HiSeq 2000/2500、NovaSeq 6000にて塩基配列を決定する。
対象: 胆道がん症例の腫瘍組織および非腫瘍組織のDNA/RNA、ならびに正常胆嚢の非腫瘍組織のRNA
2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC Research ID:hum0103-v4
リリース情報 データセット一覧
データセット ID | アクセス制限 | データの種類 | 公開日 | |
|---|---|---|---|---|
| JGAD000117 | 制限公開（Type I） | NGS(WGS) NGS(Exome) | 2020-09-28 | |
| JGAD000403 | 制限公開（Type I） | NGS(WGS) NGS(Exome) | 2021-05-25 | |
| JGAD000118 | 制限公開（Type I） | NGS(WGS) NGS(Exome) | 2020-09-28 | |
| JGAD000505 | 制限公開（Type I） | NGS(WGS) NGS(Exome) NGS(RNA-seq) | 2022-01-14 | |
| JGAD000504 | 制限公開（Type I） | NGS(WGS) NGS(Exome) NGS(RNA-seq) | 2022-01-14 | |
| JGAD000506 | 制限公開（Type I） | NGS(WGS) NGS(Exome) NGS(RNA-seq) | 2022-01-14 | |
提供者情報
- 研究代表者
- 中川 英刀
- 所属機関名
- 理化学研究所 生命医科学研究センター
研究プロジェクト情報
研究プロジェクト名 | URL |
|---|---|
| データなし | |
助成金情報
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究 (A) | 肝胆膵がんの多元的オミックス解析による分子機構の解明 |
|
| 日本医療研究開発機構 (AMED) 次世代がん医療創生研究事業 (P-CREATE) | がんゲノム解析による新規免疫療法および複合免疫療法開発のためのシーズ探索 |
|
関連論文
タイトル | DOI | 利用データID |
|---|---|---|
| Genomic characterization of biliary tract cancers identifies driver genes and predisposing mutations | https://doi.org/10.1016/j.jhep.2018.01.009 | |
| Molecular Classification and Tumor Microenvironment Characterization of Gallbladder Cancer by Comprehensive Genomic and Transcriptomic Analysis | https://doi.org/10.3390/cancers13040733 | |
| Actionability evaluation of biliary tract cancer by genome transcriptome analysis and Asian cancer knowledgebase | https://doi.org/10.18632/oncotarget.28021 | |
制限公開データの利用者一覧
研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | データ利用期間 | 利用データID |
|---|---|---|---|---|---|
| ロレンツォ・ベルメホちょうど | Heidelberg University Hospital | Germany | Genomic characterization of gallbladder tumors from patients worldwide | 2022-10-13—2028-12-31 | |
| 山本雅之 | Tohoku University | Japan | 日本人全ゲノムデータベースの構築 | 2019-06-24—2022-04-15 | |
| 柴田龍弘 | National Cancer Center Research Institute | Japan | ゲノム異常解析に基づく、肝がん、膵がん、肺がん、胃がん、大腸がん、胆道がん、乳がん、食道がん、卵巣がん、子宮がん、膀胱がん、腎臓がん、頭頚部がん、骨軟部肉腫、悪性黒色腫の発生・進展の分子機構の解明 | 2018-09-11—2018-11-28 | |
| 山本拓也 | National Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition | Japan | 新規がん抗原の同定に基づく消化器がんおよび悪性黒色腫（メラノーマ）に対するワクチン開発基盤研究 | 2024-11-12—2026-05-19 | |