目的: 日本人における疾患関連遺伝子の特定、日本人における転移因子挿入多型の網羅的探索、日本人集団に特化したリファレンスパネルの開発

研究方法: Human610-Quad BeadChip、HumanHap550v3 Genotyping BeadChip、HumanOmniExpress-12 BeadChip、HumanExome BeadChip、 OmniExpressExome Beadchip (Illumina社) 、high-density oligonucleotide arrays (Perlegen Sciences社) 、もしくはインベーダー法 (Hologic Japan社) により遺伝子型を決定し、心筋梗塞、２型糖尿病、アトピー性皮膚炎、心房細動、Body Mass Index (BMI) 、開放隅角緑内障、58形質、初潮・閉経年齢、喫煙習慣、身長、42疾患 (4疾患は以前のリリースと一部重複あり) 、食習慣、および冠動脈疾患のゲノムワイド関連解析 (Genome Wide Association Study: GWAS) や２型糖尿病腎症および２型糖尿病発症のGWASメタ解析を実施した。51疾患患者26.9万名のSNPアレイ解析を実施した。また、Illumina社 HiSeq 2500/X Fiveを用いて、BBJ第1コホート1,026＋1,007名、心筋梗塞1,765症例、認知症199症例、胃がん256＋2,067症例、大腸がん617症例、糖尿病2,162症例の全ゲノムシークエンス (Whole Genome Sequencing: WGS) を実施した。乳がん7,104症例と対照者23,731名における遺伝性乳がん原因11遺伝子翻訳領域、遺伝性前立腺がん7,636症例と対照者12,366名における遺伝性前立腺がん原因8遺伝子翻訳領域、バイオバンクジャパン11,234名における23遺伝子、膵がん1,005症例、大腸がん12,503症例および対照者23,705名、腎がん740症例および対照者5,996名、リンパ腫1,982症例、胃がん10,366症例および対照者37,592名の遺伝性腫瘍関連27遺伝子翻訳領域ならびに腎がん740症例および対照者5,996名の腎がん関連13遺伝子翻訳領域のTarget Capture Sequencingを実施した。また、乳がん10,008症例、胃がん10,576症例、大腸がん13,922症例および心不全6,038症例、脳梗塞10,486症例などを含む計140,597名に対してTP53のTarget Capture Sequencingを実施した。バイオバンクジャパン7,472名もしくは3,256名のWGSデータから作成したvcfファイルと1000ゲノムプロジェクト (Phase3v5) 2,504名のvcfファイルを統合し、genotype imputation用reference panelを作成した。バイオバンクジャパン137,693名について、男女別にCox回帰分析を実施した。当研究室が開発したソフトウェアを用い、バイオバンクジャパンの第1コホート4,880名のWGSデータから転移因子多型の同定を行った。バイオバンクジャパンの心房細動ケース9,826人とコントロール140,446人で心房細動GWASを実施し、さらに欧米人の心房細動GWAS (http://csg.sph.umich.edu/willer/public/afib2018; 60,620人ケースと970,216人コントロール、FinnGen; https://www.finngen.fi/en; 7,244人ケースと56,378人コントロール) とメタ解析を行った。メタ解析の結果からポリジェニックリスクスコアを構築した。

対象: オーダーメイド医療実現化プロジェクトおよびオーダーメイド医療の実現プログラム参加者