NBDC Research ID: hum0337.v1
研究内容の概要
目的： 卵巣成熟奇形腫の悪性転化に関わる特徴を一細胞レベルで明らかにする
方法： 新鮮凍結組織をホモジェナイズ後核分画を抽出し、10x Genomics社のChromium Next GEM Single Cell 3' Reagent Kits v3.1に沿ってライブラリー調整を行い、Illumina社のNovaseqにてRNAシーケンスを行った。
対象： 成熟奇形腫の悪性転化５症例の腫瘍組織
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000521 | NGS（scRNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2024/07/19 |
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分子データ
| 対象 |
悪性転化を伴う卵巣成熟奇形腫（ICD10：C56）：5症例 腫瘍組織：5検体 |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell 3' Reagent Kits v3.1 |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 119 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000639 |
| 総データ量 | 149 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
※当該データは、文部科学省科学研究費新学術領域研究（研究領域提案型）『生命科学系３分野支援活動』に採択された「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」（「ゲノム支援」）による支援を受けました。
提供者情報
研究代表者：吉田 康将
所 属 機 関：名古屋大学 大学院医学系研究科
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム | 16H06279 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
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