NBDC Research ID: hum0337.v1

 

研究内容の概要

目的： 卵巣成熟奇形腫の悪性転化に関わる特徴を一細胞レベルで明らかにする

方法： 新鮮凍結組織をホモジェナイズ後核分画を抽出し、10x Genomics社のChromium Next GEM Single Cell 3' Reagent Kits v3.1に沿ってライブラリー調整を行い、Illumina社のNovaseqにてRNAシーケンスを行った。

対象： 成熟奇形腫の悪性転化５症例の腫瘍組織

 

データID内容制限公開日
JGAS000521 NGS（scRNA-seq） 制限公開（Type I） 2024/07/19

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分子データ

JGAS000521
対象

悪性転化を伴う卵巣成熟奇形腫（ICD10：C56）：5症例

    腫瘍組織：5検体
規模 scRNA-seq
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報（購入の場合） -
ライブラリ作製方法（キット名） Chromium Next GEM Single Cell 3' Reagent Kits v3.1
断片化の方法 酵素処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） 119 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000639
総データ量 149 GB（fastq）
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提供者情報

研究代表者：吉田 康将

所 属 機 関：名古屋大学 大学院医学系研究科

プロジェクト/研究グループ名：-

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 新学術領域研究 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム 16H06279

 

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タイトルDOIデータID
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制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間