NBDC Research ID: hum0306.v1

研究内容の概要

目的： がん患者から採取した腫瘍や組織の網羅的ゲノム解析を行い、そのデータを国際連携（ICGC）の場にて解析し、がんゲノムカタログを作成する。

方法： 長鎖一分子シークエンサー（nanopore）による全ゲノムシークエンス

対象： 国際がんゲノムコンソーシアム（ICGC）の際に収集した日本人肝臓がん9症例（hum0158においてshort read sequencerを用いた解析を実施している肝臓がん症例）の腫瘍組織由来DNA

データID	内容	制限	公開日
JGAS000361	NGS（WGS）	制限公開（Type I）	2021/10/15

※リリース情報はこちら

※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。

分子データ


対象	肝臓がん（ICD10：C220）：9 症例
規模	WGS
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Nanopore [MinION]
ライブラリソース	腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	SQK-LSK109
断片化の方法	-
ライブラリ構築方法	Single-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	平均7875 bp（最短4715 bp - 最長12070 bp）
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000475
総データ量	201.3 GB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者： 中川英刀

所属機関： 理化学研究所生命医科学研究センターがん免疫基盤研究部門がんゲノム研究チーム

プロジェクト/研究グループ名： -

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
科学研究費助成事業基盤研究（A）	肝胆膵がんの多元的オミックス解析による分子機構の解明	18H04049

	タイトル	DOI	データID
1	Aberrant integration of Hepatitis B virus DNA promotes major restructuring of human hepatocellular carcinoma genome architecture	doi: 10.1038/s41467-021-26805-8	JGAD000475
2

研究代表者	所属機関	国・州名	研究題目	利用データID	利用期間