NBDC Research ID: hum0306.v1
研究内容の概要
目的： がん患者から採取した腫瘍や組織の網羅的ゲノム解析を行い、そのデータを国際連携（ICGC）の場にて解析し、がんゲノムカタログを作成する。
方法： 長鎖一分子シークエンサー（nanopore）による全ゲノムシークエンス
対象： 国際がんゲノムコンソーシアム（ICGC）の際に収集した日本人肝臓がん9症例（hum0158においてshort read sequencerを用いた解析を実施している肝臓がん症例）の腫瘍組織由来DNA
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000361 | NGS（WGS） | 制限公開（Type I） | 2021/10/15 |
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分子データ
| 対象 | 肝臓がん（ICD10：C220）：9 症例 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Nanopore [MinION] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SQK-LSK109 |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 平均7875 bp（最短4715 bp - 最長12070 bp） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000475 |
| 総データ量 | 201.3 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 中川 英刀
所 属 機 関： 理化学研究所 生命医科学研究センター がん免疫基盤研究部門 がんゲノム研究チーム
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（A） | 肝胆膵がんの多元的オミックス解析による分子機構の解明 | 18H04049 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Aberrant integration of Hepatitis B virus DNA promotes major restructuring of human hepatocellular carcinoma genome architecture | doi: 10.1038/s41467-021-26805-8 | JGAD000475 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
