NBDC Research ID: hum0177.v1
研究内容の概要
目的： H3F3A遺伝子変異をもつ悪性神経膠腫におけるDNAメチル化解析
方法： 悪性神経膠腫症例の腫瘍組織から抽出したDNA・RNAを用いたPBAT-seq（14症例＋細胞株1種）、RNA-seq（14症例中の5症例＋細胞株1種）およびChIP-seq（細胞株1種）
対象： 悪性神経膠腫
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000197 | NGS（PBAT-seq、RNA-seq、ChIP-seq） | 制限公開（Type I） | 2020/04/27 |
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分子データ
| 対象 | 悪性神経膠腫（ICD10：C71.9）：14症例＋細胞株1種 |
| 規模 | PBAT-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq X Ten] |
| ライブラリソース | 悪性神経膠腫の腫瘍組織および細胞株から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | IFO50356（JCRB） |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TACS ligation-mediated PBAT*ref1 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris S220） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000280 |
| 総データ量 | 1 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 悪性神経膠腫（ICD10：C71.9）：5症例＋細胞株：1種 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 悪性神経膠腫の腫瘍組織および細胞株から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | IFO50356（JCRB） |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq stranded mRNA Kit |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000281 |
| 総データ量 | 1 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 悪性神経膠腫（ICD10：C71.9）細胞株：1種 |
| 規模 | ChIP-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース |
悪性神経膠腫細胞株（全細胞溶解液[コントロール]1検体、免疫沈降2検体）から抽出したDNA 免疫沈降：ウサギモノクローナル抗体（抗H3.3抗体、抗H3.3 G34V抗体） |
| 検体情報（購入の場合） | IFO50356（JCRB） |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SMARTer ThruPLEX DNA-seq Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris S220） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000282 |
| 総データ量 | 1 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 伊藤 隆司
所 属 機 関： 九州大学大学院医学研究院 医化学分野
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業 | メチローム解析の高度化と支援 | JP16am0101059 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業 | 先進メチローム解析の支援と高度化 | JP19am0101103 |
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究（研究領域提案型） | 次世代エピゲノム解析技術の開発とその応用 | 17H06305 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Highly efficient single-stranded DNA ligation technique improves low-input whole-genome bisulfite sequencing by post-bisulfite adaptor tagging | doi: 10.1093/nar/gkz435 | |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000281 | 2022/12/26-2025/03/31 |
