NBDC Research ID: hum0068.v9

 

研究内容の概要

目的: ナノポアシークエンサーMinIONを用いた肺腺がんの変異検出手法の確立

方法: 【PCR amplicon Seq】ナノポアシークエンサーMinIONによるアンプリコンシークエンス

    【WGS】NovaSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONによるwhole-genomeシークエンスデータを用いた新規構造異常の同定と評価

    【RNA-seq】NovaSeq、HiSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONによるRNAシークエンス

    【scDNA-seq】NovaSeqによるsingle cellのwhole-genomeシークエンス

    【Target Capture】NovaSeqによるTarget Captureシークエンス

    【Visium Spatial Gene Expression】Illuminaによる空間トランスクリプトームVisiumシークエンス

    【Multiplex Fluorescence Immunostaining】PhenoCyclerシステムによる多重蛍光免疫染色

    【Xenium In Situ Gene Expression】10xによる高性能in situ遺伝子発現マッピング

対象: 肺腺がん8症例+21症例+74症例+20症例

URL: http://kero.hgc.jp/

 

データID内容制限公開日
JGAS000065 NGS(PCR amplicon Seq) 制限公開(Type I) 2017/07/10
JGAS000065

NGS(WGS:NovaSeq 6000)

NGS(WGS:PromethION)

制限公開(Type I) 2020/10/19
JGAS000349

NGS(RNA-seq:PromethION)

NGS(RNA-seq:NovaSeq 6000)

NGS(WGS:PromethION)

制限公開(Type I) 2021/12/14
JGAS000349(データ追加)

NGS(scDNA-seq:NovaSeq 6000)

NGS(RNA-seq:NovaSeq 6000)

制限公開(Type I) 2022/03/23
JGAD000670 JGAD000252の加工データ 制限公開(Type I) 2022/12/27
JGAS000570

NGS(WGS:NovaSeq 6000)

NGS(WGS:PromethION)

NGS(RNA-seq:NovaSeq 6000、HiSeq 2000)

NGS(Target Capture)

NGS(Visium Spatial Gene Expression)、病理画像

Multiplex Fluorescence Immunostaining

制限公開(Type I) 2023/02/10
JGAS000570(データ追加) Xenium In Situ Gene Expression 制限公開(Type I) 2023/06/19
JGAS000570(データ追加) Xenium In Situ Gene Expression 制限公開(Type I) 2023/09/22
JGAS000677

NGS(Visium Spatial Gene Expression)、病理画像

Multiplex Fluorescence Immunostaining

Xenium In Situ Gene Expression

制限公開(Type I) 2024/04/10

※リリース情報はこちら

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分子データ

PCR amplicon Seq

対象 肺腺がん(ICD10:C349):8症例(7検体)
規模 PCR amplicon Seq
対象領域(Target Captureの場合)

EGFR・KRAS領域、および、EML4-ALK・KIF5B-RET領域

検体1:EML4-ALK保有1症例(EML4-ALK領域)と KIF5B-RET保有1症例(KIF5B-RET領域)の増幅産物の混合検体(1検体)

検体2~7:EGFRとKRAS領域の増幅産物(6検体)

Platform Nanopore[MinION]
ライブラリソース 肺腺がん組織より抽出したRNAを逆転写したcDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Nanopore Sequencing Kit(Oxford Nanopore Technologies社)
断片化の方法 PCR
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) -
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000065
総データ量 889 MB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

WGS:NovaSeq 6000

対象

肺腺がん(ICD10:C349):21+56症例(42+112検体)

  腫瘍組織:21+56検体

  非腫瘍組織:21+56検体

規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq Nano DNA Library Prep kit、TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) -
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000252

JGAD000696

NBDCおよび生命情報・DDBJ センターによる加工データのID

JGAD000670

加工方法はこちら

総データ量

2 TB+23.9 TB (fastq)

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WGS:PromethION

対象

肺腺がん(ICD10:C349):21+42症例(41+8+81検体)

  腫瘍組織:21+4+42検体

  非腫瘍組織:20 +4+39検体

規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Nanopore [PromethION]
ライブラリソース 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SQK-LSK109
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) -
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000253

JGAD000463

JGAD000696

総データ量 2.4 TB +1.4 TB+23.9 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

RNA-seq:PromethION

対象

肺腺がん(ICD10:C349):6症例(12検体)

  腫瘍組織:6検体

  非腫瘍組織:6検体

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Nanopore [PromethION]
ライブラリソース 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing、SQK-LSK109
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 平均 850 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000463
総データ量 1.4 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

RNA-seq:NovaSeq 6000、HiSeq 2000

対象

肺腺がん(ICD10:C349):6+5+26症例 (12+5+26検体)

  腫瘍組織:6+5+26検体

  非腫瘍組織:6検体

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000、HiSeq 2000]
ライブラリソース 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing、Nextera XT DNA Library Preparation Kit、TruSeq Stranded mRNA Library Prep、TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Gold、SMART-Seq Stranded Kit
断片化の方法 Tagmentation(Nextera XT DNA Library Preparation Kit)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 300 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000463

JGAD000696

総データ量 1.4 TB+941.7 GB+23.9 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

scDNA-seq

対象

肺腺がん(ICD10:C349):2症例

  腫瘍組織:2検体

規模 scDNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 肺腺がんの腫瘍組織より単離した細胞から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Chromium Single Cell DNA Reagent Kits(10x Genomics)
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 300 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000463
総データ量 941.7 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

Target Capture

対象

肺腺がん(ICD10:C349):36症例

  腫瘍組織:36検体

規模 Target Capture
対象領域(Target Captureの場合)

NCC Oncopanel v2

https://www.ncc.go.jp/jp/information/pr_release/2019/0529/index.html

Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 肺腺がんの腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SureSelect NCC oncopanel
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 300 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000696
総データ量 23.9 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

Visium Spatial Gene Expression、病理画像

対象

肺腺がん(ICD10:C349):3+19症例

  腫瘍組織:3+25検体

規模 Visium Spatial Gene Expression、病理画像
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 肺腺がんの腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Visium Spatial Gene Expression Reagent Kits
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 118 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000696

JGAD000807

総データ量

JGAD000696: 102.1 GB(fastq、png、json、csv)

JGAD000807: 1.1 TB(fastq、png、json、csv)

コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

Multiplex Fluorescence Immunostaining

対象

肺腺がん(ICD10:C349):3+6症例

  腫瘍組織:3+6検体

規模 Multiplex Fluorescence Immunostaining
対象領域(Target Captureの場合)

Cycle/蛍光タンパク質対応表(JGAD000696)

Cycle/蛍光タンパク質対応表(JGAD000807)

Platform Akoya Biosciences [PhenoCycler]
ライブラリソース 肺腺がんの腫瘍組織
検体情報(購入の場合) -
細胞処理方法(キット名) Staining Kit for PhenoCycler
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000696

JGAD000807

総データ量

JGAD000696: 102.1 GB(qptiff)

JGAD000807: 10.4 GB(qptiff、xlsx)

コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

Xenium In Situ Gene Expression

対象

肺腺がん(ICD10:C349):1+1+10症例

  腫瘍組織:1+1+10検体

規模 Xenium In Situ Gene Expression
対象領域(Target Captureの場合) 302遺伝子(Human Lung panel:202遺伝子、カスタム:100遺伝子)
Platform 10x Genomics [Xenium Analyzer]
ソース 肺腺がんの腫瘍組織
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(パネル、キット名、バージョンなど)

Xenium Slides & Sample Prep Reagents

Xenium Decoding Reagents

Xenium Decoding Consumables

解析ソフトウェア(可視化ツールなど)

xenium-1.1.0.2

xenium-1.5.1.2

Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000696

JGAD000807

総データ量

JGAD000696:16.1+2.1 GB(csv、h5、html、json、mtx、tiff、parquet、tsv、xenium、zarr)

JGAD000807: 55.8 GB(csv、h5、html、json、mtx、tiff、parquet、tsv、xenium、zarr)

コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 河野 隆志

所 属 機 関: 国立がん研究センター ゲノム生物学研究分野

プロジェクト/研究グループ名:-

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 新学術領域研究 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム 16H06279
科学研究費助成事業 新学術領域研究 がんシステムの新次元俯瞰と攻略; ナノポアシークエンサーによるがん細胞の変異検出およびフェーズ情報解析手法の確立 16H01582
日本医療研究開発機構(AMED) 次世代がん医療創生研究事業(P-CREATE) ナノポア型長鎖シークエンサーを駆使したがんゲノム異常における新規概念の創出および患者層別化手法の開発 JP19cm0106539
日本医療研究開発機構(AMED) 次世代がん医療創生研究事業(P-CREATE) ロングリード技術を駆使した非小細胞肺癌におけるがんゲノム多様性・進化に関する研究 JP21cm0106582
日本医療研究開発機構(AMED) 次世代がん医療加速化研究事業(P-PROMOTE) ロングリード技術による肺がんゲノム・エピゲノム不均一性と微小環境ストレスの関係性解明に関する研究開発 JP23ama221522

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Sequencing and phasing cancer mutations in lung cancers using a long-read portable sequencer. doi: 10.1093/dnares/dsx027 JGAD000065
2 Long-read sequencing for non-small-cell lung cancer genomes doi: 10.1101/gr.261941.120 JGAD000252
JGAD000253
3 Phasing analysis of lung cancer genomes using a long read sequencer doi: 10.1038/s41467-022-31133-6 JGAD000252
JGAD000253
JGAD000463
4 Whole-genome sequencing reveals the molecular implications of the stepwise progression of lung adenocarcinoma doi: 10.1038/s41467-023-43732-y JGAD000252
JGAD000253
JGAD000463
JGAD000696

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間
中岡 博史 公益財団法人佐々木研究所 腫瘍ゲノム研究部 日本 肺がん遺伝子解析研究 JGAD000252 2022/08/06-2023/03/31
吉田 健一 国立がん研究センター研究所 がん進展研究分野 日本 固形腫瘍のゲノム解析に関する多施設共同研究 JGAD000065,
JGAD000252,
JGAD000253,
JGAD000463,
JGAD000696,
JGAD000807
2024/08/01-2028/03/31