hum0068 リリース情報

Research ID公開日内容
hum0068.v9 2024/04/10 NGS(Visium Spatial Gene Expression)、病理画像、Multiplex Fluorescence Immunostaining、Xenium In Situ Gene Expression
hum0068.v8 2023/09/22 Xenium In Situ Gene Expression
hum0068.v7 2023/06/19 Xenium In Situ Gene Expression
hum0068.v6 2023/02/10 NGS(WGS、RNA-seq、Target Capture、Visium Spatial Gene Expression)、病理画像、Multiplex Fluorescence Immunostaining
hum0068.v5 2022/12/27 JGAD000252の加工データ
hum0068.v4 2022/03/23 NGS(scDNA-seq、RNA-seq)
hum0068.v3 2021/12/14 NGS(RNA-seq、WGS)
hum0068.v2 2020/10/19 NGS(WGS)
hum0068.v1 2017/07/10 NGS(PCR amplicon Seq)

 

hum0068.v9

・肺腺がん20症例の腫瘍組織に対して実施したIlluminaによる空間トランスクリプトームVisiumシークエンスデータをfastq、png、json、csvファイルにて提供する。

・肺腺がん6症例の腫瘍組織に対して実施したPhenoCyclerシステムによる多重蛍光免疫染色データをqptiff、xlsxファイルにて提供する。

・肺腺がん10症例の腫瘍組織に対して実施した10xによるXenium高性能in situ遺伝子発現マッピングデータをcsv、h5、html、json、mtx、tiff、parquet、tsv、xenium、zarrファイルにて提供する。

 

hum0068.v8

肺腺がん1症例の腫瘍組織に対して実施した10xによるXenium高性能in situ遺伝子発現マッピングデータをcsv、h5、html、json、mtx、tiff、parquet、tsv、xenium、zarrファイルにて提供する。

 

hum0068.v7

肺腺がん1症例の腫瘍組織に対して実施した10xによるXenium高性能in situ遺伝子発現マッピングデータをcsv、h5、html、json、mtx、tiff、parquet、tsv、xenium、zarrファイルにて提供する。

 

hum0068.v6

肺腺がん74症例の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA/RNAを対象としたWGS解析、RNA-seq解析、ならびにTarget Capture解析の結果をfastqファイルにて提供する。TruSeq Nano DNA Library Prep kit、TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit、SQK-LSK109、SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit、Nextera XT DNA Library Preparation Kit、TruSeq Stranded mRNA Library Prep、TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Gold、SMART-Seq Stranded KitおよびSureSelect NCC oncopanelにてライブラリを作製し、NovaSeq、HiSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONを用いてシークエンスを行った。

肺腺がん3症例の腫瘍組織に対して実施したIlluminaによる空間トランスクリプトームVisiumシークエンスデータをfastq、png、json、csvファイルにて提供する。

肺腺がん3症例の腫瘍組織に対して実施したPhenoCyclerシステムによる多重蛍光免疫染色データをqptiffファイルにて提供する。

 

hum0068.v5

hum0068.v2のfastqファイル(JGAD000252)に対して、特定の解析パイプラインにより加工したCRAM/gVCF/aggregate VCFファイルを提供する。利用を希望する場合は、データ利用申請書にJGAD000252(元データ)とJGAD000670(加工データ)を記載すること。

 

hum0068.v4

肺腺がん2症例の腫瘍組織から単離した細胞から抽出したDNAを対象としたsingle cellのWGS解析結果をfastqファイルにて提供する。Chromium Single Cell DNA Reagent Kits にてライブラリを作製し、NovaSeqを用いてシークエンスを行った。

肺腺がん5症例の腫瘍組織から抽出したRNAを対象としたRNA-seq解析の結果をfastqファイルにて提供する。SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kitにてライブラリを作製し、NovaSeqを用いてシークエンスを行った。

 

hum0068.v3

肺腺がん11症例の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA/DNAを対象としたRNA-seq解析ならびにWGS解析の結果をfastqファイルにて提供する。SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA KitおよびSQK-LSK109にてライブラリを作製し、NovaSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONを用いてシークエンスを行った。

 

hum0068.v2

肺腺がん21症例の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNAを対象としたWGS解析の結果をfastqファイルにて提供する。TruSeq Nano DNA Library Prep kitおよびSQK-LSK109にてライブラリを作製し、NovaSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONを用いてシークエンスを行った。

 

hum0068.v1

肺腺がん8症例の腫瘍組織から抽出したRNAを対象とし、逆転写反応の後にPCRによって目的領域を増幅した。Nanopore Sequencing Kitにてライブラリを作製し、MinION(Oxford Nanopore Technologies社)を用いたシークエンスの結果をFastqファイルにて提供する。

 

Note: