NBDC Research ID: hum0068.v4
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研究内容の概要
目的： ナノポアシークエンサーMinIONを用いた肺腺がんの変異検出手法の確立
方法： 【PCR amplicon Seq】ナノポアシークエンサーMinIONによるアンプリコンシークエンス
【WGS】NovaSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONによるwhole-genomeシークエンスデータを用いた新規構造異常の同定と評価
【RNA-seq】NovaSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONによるRNAシークエンス
【scDNA-seq】NovaSeqによるsingle cellのwhole-genomeシークエンス
対象： 肺腺がん8症例＋21症例
URL： http://kero.hgc.jp/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000065 | NGS（PCR amplicon Seq） | 制限公開（Type I） | 2017/07/10 |
| JGAS000065 | 制限公開（Type I） | 2020/10/19 | |
| JGAS000349 | 制限公開（Type I） | 2021/12/14 | |
| JGAS000349（データ追加） | 制限公開（Type I） | 2022/03/23 |
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分子データ
| 対象 | 肺腺がん：8症例（7検体） |
| 規模 | PCR amplicon Seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） |
EGFR・KRAS領域、および、EML4-ALK・KIF5B-RET領域 検体１：EML4-ALK保有1症例（EML4-ALK領域）と KIF5B-RET保有１症例（KIF5B-RET領域）の増幅産物の混合検体（１検体） 検体２～７：EGFRとKRAS領域の増幅産物（６検体） |
| Platform | Nanopore［MinION］ |
| ライブラリソース | 肺腺がん組織より抽出したRNAを逆転写したcDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Nanopore Sequencing Kit (Oxford Nanopore Technologies社) |
| 断片化の方法 | PCR |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 367 Mb |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000065 |
| 総データ量 | 889 MB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肺腺がん（ICD10：C349）：21症例（42 検体） 腫瘍組織：21 検体 非腫瘍組織：21 検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Nano DNA Library Prep kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 2.8 Tb |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | |
| 総データ量 |
2 TB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肺腺がん（ICD10：C349）：21症例（41＋8 検体） 腫瘍組織：21＋4 検体 非腫瘍組織：20 ＋4 検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Nanopore [PromethION] |
| ライブラリソース | 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SQK-LSK109 |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 2.7 Tb |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | |
| 総データ量 | 2.4 TB ＋1.4 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肺腺がん（ICD10：C349）：6症例（12 検体） 腫瘍組織：6 検体 非腫瘍組織：6 検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Nanopore [PromethION] |
| ライブラリソース | 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing、SQK-LSK109 |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 平均 850 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000463 |
| 総データ量 | 1.4 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肺腺がん（ICD10：C349）：6＋5 症例 （12＋5 検体） 腫瘍組織：6＋5 検体 非腫瘍組織：6 検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing、Nextera XT DNA Library Preparation Kit |
| 断片化の方法 | Tagmentation（Nextera XT DNA Library Preparation Kit） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 300 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000463 |
| 総データ量 | 1.4 TB＋941.7 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肺腺がん（ICD10：C349）：2 症例 腫瘍組織：2 検体 |
| 規模 | scDNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 肺腺がんの腫瘍組織より単離した細胞から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Single Cell DNA Reagent Kits (10x Genomics） |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 300 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000463 |
| 総データ量 | 941.7 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 河野 隆志
所 属 機 関： 国立がん研究センター ゲノム生物学研究分野
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム | 16H06279 |
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | がんシステムの新次元俯瞰と攻略; ナノポアシークエンサーによるがん細胞の変異検出およびフェーズ情報解析手法の確立 | 16H01582 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | ナノポア型長鎖シークエンサーを駆使したがんゲノム異常における新規概念の創出および患者層別化手法の開発 | JP19cm0106539 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | ロングリード技術を駆使した非小細胞肺癌におけるがんゲノム多様性・進化に関する研究 | JP21cm0106582 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Sequencing and phasing cancer mutations in lung cancers using a long-read portable sequencer. | doi: 10.1093/dnares/dsx027 | JGAD000065 |
| 2 | Long-read sequencing for non-small-cell lung cancer genomes | doi: 10.1101/gr.261941.120 |
JGAD000252 JGAD000253 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|
