NBDC Research ID: hum0068.v4

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研究内容の概要

目的: ナノポアシークエンサーMinIONを用いた肺腺がんの変異検出手法の確立

方法: 【PCR amplicon Seq】ナノポアシークエンサーMinIONによるアンプリコンシークエンス

    【WGS】NovaSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONによるwhole-genomeシークエンスデータを用いた新規構造異常の同定と評価

    【RNA-seq】NovaSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONによるRNAシークエンス

    【scDNA-seq】NovaSeqによるsingle cellのwhole-genomeシークエンス

対象: 肺腺がん8症例+21症例

URL: http://kero.hgc.jp/

 

データID内容制限公開日
JGAS000065 NGS(PCR amplicon Seq) 制限公開(Type I) 2017/07/10
JGAS000065

NGS(WGS:NovaSeq 6000)

NGS(WGS:PromethION)

制限公開(Type I) 2020/10/19
JGAS000349

NGS(RNA-seq:PromethION)

NGS(RNA-seq:NovaSeq 6000)

NGS(WGS:PromethION)

制限公開(Type I) 2021/12/14
JGAS000349(データ追加)

NGS(scDNA-seq:NovaSeq 6000)

NGS(RNA-seq:NovaSeq 6000)

制限公開(Type I) 2022/03/23

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分子データ

PCR amplicon Seq

対象 肺腺がん:8症例(7検体)
規模 PCR amplicon Seq
対象領域(Target Captureの場合)

EGFR・KRAS領域、および、EML4-ALK・KIF5B-RET領域

検体1:EML4-ALK保有1症例(EML4-ALK領域)と KIF5B-RET保有1症例(KIF5B-RET領域)の増幅産物の混合検体(1検体)

検体2~7:EGFRとKRAS領域の増幅産物(6検体)

Platform Nanopore[MinION]
ライブラリソース 肺腺がん組織より抽出したRNAを逆転写したcDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Nanopore Sequencing Kit (Oxford Nanopore Technologies社)
断片化の方法 PCR
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 367 Mb
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD000065
総データ量 889 MB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

WGS:NovaSeq 6000

対象

肺腺がん(ICD10:C349):21症例(42 検体)

  腫瘍組織:21 検体

  非腫瘍組織:21 検体

規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq Nano DNA Library Prep kit
断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 2.8 Tb
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID

JGAD000252

総データ量

2 TB (fastq)

コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

WGS:PromethION

対象

肺腺がん(ICD10:C349):21症例(41+8 検体)

  腫瘍組織:21+4 検体

  非腫瘍組織:20 +4 検体

規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Nanopore [PromethION]
ライブラリソース 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SQK-LSK109
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 2.7 Tb
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID

JGAD000253

JGAD000463

総データ量 2.4 TB +1.4 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

RNA-seq:PromethION

対象

肺腺がん(ICD10:C349):6症例(12 検体)

  腫瘍組織:6 検体

  非腫瘍組織:6 検体

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Nanopore [PromethION]
ライブラリソース 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing、SQK-LSK109
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 平均 850 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD000463
総データ量 1.4 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

RNA-seq:NovaSeq 6000

対象

肺腺がん(ICD10:C349):6+5 症例 (12+5 検体)

  腫瘍組織:6+5 検体

  非腫瘍組織:6 検体

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing、Nextera XT DNA Library Preparation Kit
断片化の方法 Tagmentation(Nextera XT DNA Library Preparation Kit)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 300 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD000463
総データ量 1.4 TB+941.7 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

scDNA-seq

対象

肺腺がん(ICD10:C349):2 症例

  腫瘍組織:2 検体

規模 scDNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 肺腺がんの腫瘍組織より単離した細胞から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Chromium Single Cell DNA Reagent Kits (10x Genomics)
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 300 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD000463
総データ量 941.7 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 河野 隆志

所 属 機 関: 国立がん研究センター ゲノム生物学研究分野

プロジェクト/研究グループ名:-

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 新学術領域研究 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム 16H06279
科学研究費助成事業 新学術領域研究 がんシステムの新次元俯瞰と攻略; ナノポアシークエンサーによるがん細胞の変異検出およびフェーズ情報解析手法の確立 16H01582
日本医療研究開発機構(AMED) 次世代がん医療創生研究事業(P-CREATE) ナノポア型長鎖シークエンサーを駆使したがんゲノム異常における新規概念の創出および患者層別化手法の開発 JP19cm0106539
日本医療研究開発機構(AMED) 次世代がん医療創生研究事業(P-CREATE) ロングリード技術を駆使した非小細胞肺癌におけるがんゲノム多様性・進化に関する研究 JP21cm0106582

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Sequencing and phasing cancer mutations in lung cancers using a long-read portable sequencer. doi: 10.1093/dnares/dsx027 JGAD000065
2 Long-read sequencing for non-small-cell lung cancer genomes doi: 10.1101/gr.261941.120

JGAD000252

JGAD000253

3

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関研究題目利用データID利用期間